Bash 逐行读取文件并运行java程序

我需要运行一个java程序，用扩展名

*bam

合并多个文件。该计划的结构如下：

java -jar mergefiles.jar \
I=file1.bam \
I=file2.bam \
I=file3.bam \
O=output.bam

因此，我正在尝试对目录中的所有*bam文件运行此程序。最初，我尝试创建一个包含*bam文件名的列表（filenames.txt）

使用“while”命令，如：

while read -r line; do
java -jar MergeFiles.jar \
I=$line \
O=output.bam
done < filenames.txt

读取-r行时

；做
java-jarmergefiles.jar\
I=$line\
O=输出.bam
完成

但是，为文本文件中的每个

*bam

文件执行的程序不是全部执行的（每次仅合并一个文件，并覆盖输出）。那么，如何运行该程序以递归方式合并所有

*bam

文件呢

此外，bash中还有其他选项（例如使用循环for）来解决此问题

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提前感谢。

在您的问题中，您指定要使用dir中的所有

.bam

文件，因此您可能应该使用dir来代替使用文件名创建文件。下面是一个例子：

#! /bin/bash
# set nullglob to be safe
shopt -s nullglob
# read the filenames into an array
files=( *.bam )
# check that files actually exist
if (( ${#files[@]} == 0 )); then echo "no files" && exit 1; fi
# expand the array with a replacement
java -jar MergeFiles.jar \
"${files[@]/#/I=}" \
O=output.bam

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当前解决方案的问题是

while

循环一次只读取一行，分别在每行调用命令。

您应该使用

xargs

或

并行

。看看吧，它应该可以满足你的需要。谢谢你的帮助，@olli-k！工作完美！

#! /bin/bash
# set nullglob to be safe
shopt -s nullglob
# read the filenames into an array
files=( *.bam )
# check that files actually exist
if (( ${#files[@]} == 0 )); then echo "no files" && exit 1; fi
# expand the array with a replacement
java -jar MergeFiles.jar \
"${files[@]/#/I=}" \
O=output.bam