bash为每个文件创建进程日志

我正在使用

bash

一个接一个地运行多个进程。我想为每个流程创建一个日志，一个流程启动和完成的日志，但下面只创建并清空

log

。谢谢：）

因此，当第一个进程（

#create BAM Index

）运行时，将创建一个日志，记录日志的启动和完成时间

每个进程可能有多个文件，但其中每个文件只需要

1

log

当第二个过程（

#剥离@PG tags

）运行时，将创建一个日志，记录其启动和完成的时间。谢谢：）

bash

# create BAM Index
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/log.log
for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/*.bam ; do
 bname=`basename $f`
 pref=${bname%%.bam}
 samtools index $f
done > "$logfile"

# strip off @PG tags
logfile=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/log.log
for f in /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/*.bam ; do
 bname=`basename $f`
 pref=${bname%%.bam}
 samtools view -H $f | sed '/^@PG/d' | samtools reheader - $f > /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/${pref}_newheader.bam
done > "$logfile"

---

正如我在评论中提到的：

我不建议您在将用于生成所述输出的循环中定义输出日志文件

第二，要从循环中输出数据，我将在循环末尾通过管道传输数据：

done>“$logfile”

我像下面那样运行了您的脚本，但是，它实际上并没有输出任何内容

logfile=log.log

# create BAM Index
for f in *.bam ; do
 bname=`basename $f`
 pref=${bname%%.bam}
 samtools index $f
done > "$logfile"


# strip off @PG tags
for f in *.bam ; do
 bname=`basename $f`
 pref=${bname%%.bam}
 samtools view -H $f | sed '/^@PG/d' | samtools reheader - $f > ${pref}_newheader.bam
done > "$logfile"

如果您想实现这一点，请添加一行，以响应流程的开始和结束，如下所示。还请注意，在第二个循环中，输出通过语法

>

附加到日志中，否则将用

>

覆盖日志

logfile=log.log

# create BAM Index
for f in *.bam ; do
    echo "Start Index creation: $(date) - File: $f"
    bname=$(basename $f)
    pref=${bname%%.bam}
    samtools index $f
    echo "End Index  creation: $(date) - File: $f"
done > "$logfile"


# strip off @PG tags
for f in *.bam ; do
    echo "Start @PG tag strip creation: $(date) - File: $f"
    bname=$(basename $f)
    pref=${bname%%.bam}
    samtools view -H $f | sed '/^@PG/d' | samtools reheader - $f > ${pref}_newheader.bam
    echo "End @PG tag strip creation: $(date) - File: $f"
done >> "$logfile"

日志文件看起来像：

Start Index creation: Sat Feb 20 09:58:46 EST 2016 - File: wgEncodeUwRepliSeqBjG1bAlnRep1.bam
End Index  creation: Sat Feb 20 09:58:47 EST 2016 - File: wgEncodeUwRepliSeqBjG1bAlnRep1.bam
Start @PG tag strip creation: Sat Feb 20 09:58:47 EST 2016 - File: wgEncodeUwRepliSeqBjG1bAlnRep1.bam
End @PG tag strip creation: Sat Feb 20 09:58:47 EST 2016 - File: wgEncodeUwRepliSeqBjG1bAlnRep1.bam

---

首先，我不建议您在用于生成所述输出的循环中定义输出日志文件。其次，要从循环中输出数据，我将在循环结束时通过管道将数据传输到此处：

done>“$logfile”

。我更新了

bash

，其中包含了您的建议，但创建的日志文件为空，但进程确实运行。谢谢：）。