Bioinformatics 纯色空间读取对齐：BWA、Tophat或其他？

这是我第一次对齐读取，我需要一些帮助来决定哪种对齐器最适合我的情况

我试图将先前研究中生成的FASTQ文件（mice）与SRA存储库中的文件（mice）进行比对，目的是在组装计数矩阵后与edgeR进行差异表达分析。测序是在固体中进行的，所以FASTQ是在色彩空间中，这限制了我的选择。根据FASTQC，读取长度从30-140 bp不等。在之前的这项研究中，他们使用BWA回溯法对齐读取。然而，由于BWA不知道拼接，我想知道这是否是最好的选择。显然，我可以使用Tophat（1或2）和蝴蝶结1在色彩空间中进行拼接感知对齐，但蝴蝶结声称最适合短读（35 bp）。他们说他们支持1024 bp的读取，但我不知道“35 bp最有效”和“支持1024 bp的读取”之间的区别。因此，基本上，我的怀疑是1）在没有拼接感知的情况下与BWA回溯对齐，或2）与Tophat（领结1）对齐，可能由于没有使用适当的读取长度而得到一些不精确的结果。我倾向于支持Tophat选项，但由于我没有对齐阅读的经验，我想知道原始文章使用BWA回溯的选择是否比我自己的初学者的选择更明智

如果有人能消除我的疑虑，帮助我做出选择，我将不胜感激。第三种选择显然是受欢迎的