fclose（）导致分段错误

我正在解析一个以制表符分隔的文本文件。其第一列包含格式为

chrX

的字符串，其中

X

表示一组字符串，例如，“1”、“2”、…、“X”、“Y”

当解析文件时，它们都存储在名为

染色体

的

char*

中

文本文件按字典顺序排列在第一列，即，我将有许多行，从“chr1”开始，然后是“chr2”，等等

在每个“chrX”条目中，我需要打开与此条目关联的另一个文件：

FILE *merbaseIn;

// loop through rows...

if (chromosome == NULL)                                                                                                                                                   
    openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN);                                                                                                      
else {                                                                                                                                                                    
    if (strcmp(chromosome, fieldArray[i]) != 0) { // new chromosome                                                                                                   
        fclose(merbaseIn); // close old chromosome FILE ptr                                                                                                                                                                                                                                    
        free(chromosome); // free old chromosome ptr                                                                                                                          
        openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN); // set up new chromosome FILE ptr                                                                  
    }                                                                                                                                                                       
}  
// parse row

我有一个函数

openSourceFile

，其定义如下：

void openSourceFile (char** chrome, const char* field, FILE** filePtr, const char *path) {
    char filename[100];                                                                                                                                                           
    *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));
    if (*chrome == NULL) {                                                                                                                                                        
        fprintf(stderr, "ERROR: Cannot allocate memory for chromosome name!");                                                                                                      
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             

    strcpy(*chrome, field);                                                                                                                                                       
    sprintf(filename,"%s%s.fa", path, field);                                                                                                                                     

    *filePtr = fopen(filename, "r");                                                                                                                                              
    if (*filePtr == NULL) {                                                                                                                                                       
        fprintf(stderr, "ERROR: Could not open fasta source file %s\n", filename);                                                                                                  
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             
}      

问题是，我的应用程序退出时，在下一行出现了从第一条染色体到第二条染色体的分段错误（从

chr1

到

chr2

），我关闭了打开的第一个染色体文件：

fclose(merbaseIn);

我知道我没有传递

fclose

空指针，因为在出现分段错误之前，我一直在从该文件读取数据。我甚至可以把它包装成一个条件，但我仍然会犯错误：

if (merbaseIn != NULL) {
    fclose(merbaseIn);
}

此外，我知道

openSourceFile

是有效的（至少对于

chr1

，在设置

file*

的第一个文件句柄时是有效的），因为我的应用程序解析

chr1

行并正确读取

file*

源文件中的数据

---

这个

fclose

调用导致出现分段错误的原因是什么？

我注意到的一个错误是这一行：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));

应该是：

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field)+1);

这是因为字符串末尾有一个结束符0，您还必须为它腾出空间

valgrind --db-attach=yes --leak-check=yes --tool=memcheck --num-callers=16 --leak-resolution=high ./yourprogram args

segfault很可能是由堆上的内存损坏引起的，而不是影响本地的任何东西。将立即显示您的第一次错误访问

编辑：自2014年3.10.0版以来，

--db attach

选项已被弃用到

valgrind

。发行说明指出：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

---

最好的猜测是，代码的其他部分通过缓冲区溢出或类似的错误而损坏内存

虽然不太可能是原因，但当完整文件名超过100个字符时，文件名数组中可能存在溢出情况

我建议使用调试器来监视merbaseIn变量使用的内存位置的更改。

通用指针问题 C语言是一门伟大的语言，但它确实要求你不要破坏自己的记忆。除了前面提到的malloc短1字节的问题外，您可能还有其他指针问题

---

我建议。在过去，它很受欢迎，但现在我。还有很多其他选择。

除了发现的错误，我怀疑：

free(chromosome);

随后应：

chromosome = NULL;

---

为了防止使用不再有效的值。

如果只有这个文件*文件ptr就足够了，为什么要使用这个文件**filePtr？

---

只是一个想法…

valgrind

和

memcheck

绝对是发现分段故障原因的正确工具。要将调试器与

valgrind

一起使用，请注意，

--db attach

选项到

valgrind

自2014年发布valgrind 3.10.0以来已被弃用。发行说明指出：

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

---

查看您使用的每个地方“malloc”，看看您是否犯了错误

例如，我将从文件中读取的行放入一个char**，但我没有正确地输入 将其命名为：

my_list = malloc(sizeof(char) * num_lines_found_in_file);

当它应该是：

my_list = malloc(sizeof(char*)* num_lines_found_in_file);

---

是，但是strlen（）返回size\u t，所以请删除该类型。malloc（）返回void*，它可以转换为C中的任何其他（数据）指针类型，因此也可以删除该转换。在这种情况下，可以使用strdup（）替换malloc（）+strcpy（）。我不同意（char*）转换，该转换清楚地说明了意图。我没有在双指针中的指针上运行

free

。我也没有在其他地方释放指针。我废弃了这个应用程序，从头开始编写，一边运行

valgrind

，以确保正确管理内存。谢谢你给我指点这个工具！是的，valgrind教会了我：1）每个人都是对的，我应该只使用smart（自动/参考计数等）指针或垃圾收集；2）valgrind实际上不需要垃圾收集。唯一的警告是测试覆盖率。我认为使用valgrind查找内存泄漏比使用我熟悉的任何GC语言工具（如JVM或.NET语言）都要容易。关闭时使用双文件指针是一种很好的做法。通过这种方式，您可以在关闭原始文件指针后将其设置为

NULL

，因为它不是函数参数。