Colors 向NetworkX上的节点添加颜色属性以导出到Gephi

我正在使用NetworkX制作一个图形，用Gephi导出可视化。我一直在向图中的节点添加各种属性，没有问题，直到我尝试添加颜色。有人知道如何使用networkx导出带有“彩色”节点的图形吗？（我一直在写gexf文件，但只要它与Gephi兼容，就不在乎它是否是另一种格式。）

下面是我制作图表的代码：

def construct_weighted_graph(nodes, distance_dict, weighting_function, color = True):

  G = nx.Graph()
  #nodes automatically added when edges added. 
  for sequence in nodes: #loop through and add size attribute for num of sequences
    G.add_node(sequence)
    G.node[sequence]['size'] = distance_dict[sequence][1] #size represented by the node
    if color:
        G.node[sequence]['color'] = (0,1,0)
  for i_node1 in range(len(nodes)):
    dist_list = distance_dict[nodes[i_node1]][-2] #list of distances
    for i_node2 in range(i_node1+1, len(nodes)):
        G.add_edge(nodes[i_node1], nodes[i_node2], 
                   weight = weighting_function(dist_list[i_node2]))
  return G

---

这并不完全是我对颜色的理解，因为不同的节点分配了不同的颜色，但这是基本思想。

我遇到了完全相同的问题。NetworkX中设置颜色的常规方法不会导出为GEXF格式。通过阅读NetworkX和GEXF文档的导出代码，我了解了如何正确地导出到GEXF，并反过来导入到Gephi

如果着色遵循GEXF的相同结构，NetworkX将导出着色。必须将数据添加到图形中的节点。因此，您向节点添加了一个代表可视化的键“viz”。将“viz”设置为另一个字典，在其中添加一个键“color”，并依次添加一个字典，其中包含键“r”、“g”、“b”和“a”的值

我制作了一个非常简单的示例来演示解决方案：

import networkx as nx
""" Create a graph with three nodes"""
graph = nx.Graph()
graph.add_node('red')
graph.add_node('green')
graph.add_node('blue')
""" Add color data """
graph.node['red']['viz'] = {'color': {'r': 255, 'g': 0, 'b': 0, 'a': 0}}
graph.node['green']['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 255, 'b': 0, 'a': 0}}
graph.node['blue']['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 0, 'b': 255, 'a': 0}}
""" Write to GEXF """
# Use 1.2draft so you do not get a deprecated warning in Gelphi
nx.write_gexf(graph, "file.gexf", version="1.2draft")

这会将带有红色、绿色和蓝色节点的图形导出到GEXF

您必须更改尝试将颜色设置为以下颜色的示例：

if color:
    G.node[sequence]['viz'] = {'color': {'r': 0, 'g': 1, 'b': 0, 'a': 0}} # line changed
for i_node1 in range(len(nodes)):

---

networkx

转换为GEXF格式（版本1.1draft）对我来说也是个错误

但这对我很有效。我在您需要的部分前后添加了一些额外的代码，因为这意味着（在我粗略地重读几年前编写但仍在本网站上使用的代码时：——因为它仍然有效）您将节点添加到有向图（G）然后必须以不同的方式再次添加它们，确保在gexf文件的

标记中对

RGB颜色

和

大小

格式进行编码

代码

G.add_nodes_from(nodes) #<--- assigns node names, and also node 'size', used below

for n in G.node:
    n_size = G.node[n]['size']
    G.add_node(n,viz={'color':{'r':"170",'b':"170",'g':"170",'a':"0.7"},'size':n_size})
    #{'position':{'x':x,'y':y}}
G.add_weighted_edges_from(edges)
...
import codecs
f = codecs.open(gexf_filename, "wb", "utf-8") # unicode safe version of file-open
nx.write_gexf(G,f)
f.close()

以下是用于调试目的的两个有用的文件示例：

对

您可以在此处看到它们联机渲染： （带颜色） 和

---

（同一个图表，没有颜色，但alpha起作用。

“我一直在向图表中的节点添加各种属性，没有问题，直到我尝试添加颜色为止。”尝试添加颜色时发生了什么？回溯（最近一次调用）：文件“./distance.py”，第216行，nx格式。写入_gexf（G，path+所需的_gene_File_格式）+“\u graph\u withcolors.gexf”）文件”，第2行，在write\u gexf文件“/usr/lib/python2.7/dist packages/networkx/utils/decorators.py”中，第263行，在“open\u File result=func（*new\u args，**kwargs）文件“/usr/lib/python2.7/dist packages/networkx/readwrite/gexf.py”中，第77行，在write\u gexf writer.add\u graph（G）文件中”/usr/lib/python2.7/dist packages/networkx/readwrite/gexf.py”，第287行，在add_graphself.add_节点（G，graph_元素）文件“/usr/lib/python2.7/dist packages/networkx/readwrite/gexf.py”文件“/usr/lib/python2.7/dist-packages/readwrite/gexf.py”中，第318行，在add_节点节点数据中，默认值为“/usr/lib/lib/python2.7/dist-packages/net“，第385行，在val的add_属性中，开始，结束于v:TypeError:'int'对象不是ITerableC您能更新您的帖子以提供完整的示例吗？”？我可以复制粘贴以查看相同的错误吗？

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<graph defaultedgetype="directed" mode="static">
<attributes class="node" mode="static">
  <attribute id="0" title="size" type="integer" />
</attributes>
<nodes>
  <node id="0" label="shop">
    <ns0:color b="100" g="100" r="100" />
    <ns0:size value="17" />
    <attvalues>
      <attvalue for="0" value="17" />
    </attvalues>
  </node>

<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<gexf version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">

<attributes class="node" mode="static">
  <attribute id="0" title="category" type="string" />
  <attribute id="1" title="color" type="string" />
  <attribute id="2" title="size" type="integer" />
</attributes>
<node id="CarterCenter" label="CarterCenter">
    <attvalues>
      <attvalue for="0" value="open data" />
      <attvalue for="1" value="blue" />
      <attvalue for="2" value="0" />
    </attvalues>
</node>