Conda SnakeMake失败，非零退出代码在SnakeMake之外正常运行_Conda_Snakemake_Seq

Conda SnakeMake失败，非零退出代码在SnakeMake之外正常运行

Conda SnakeMake失败，非零退出代码在SnakeMake之外正常运行,conda,snakemake,seq,Conda,Snakemake,Seq,我正在尝试使用Snakemake构建芯片序列分析的管道。此管道中的第一步是收集.sra文件。我有一个非常简单的规则，从sra工具调用prefetch命令。当我运行snakemake文件时，我得到以下输出 Building DAG of jobs... Using shell: /usr/bin/bash Provided cores: 1 Rules claiming more threads will be scaled down. Job counts: count j

我正在尝试使用Snakemake构建芯片序列分析的管道。此管道中的第一步是收集.sra文件。我有一个非常简单的规则，从sra工具调用prefetch命令。当我运行snakemake文件时，我得到以下输出

Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
        count   jobs
        1       get_sra_num
        1

[Thu May 14 17:15:26 2020]
rule get_sra_num:
    output: SRR11551735/SRR11551735.sra
    jobid: 0
    wildcards: sra_num=11551735

[Thu May 14 17:15:26 2020]
Error in rule get_sra_num:
    jobid: 0
    output: SRR11551735/SRR11551735.sra
    conda-env: /storage/htc/bdm/Melanoma/Chips/.snakemake/conda/ca9cfc90
    shell:

                prefetch SRR11551735

        (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

但是，如果我运行命令

在具有相同conda环境的终端中预取SRR11551735

，然后命令成功，而不通知非零退出代码。有什么建议吗

如果他们有任何帮助，这里是康达环境

name: ralp
channels:
- bioconda
- mrh8x5
- conda_gc_test
- defaults
dependencies:
- ncbi-ngs-sdk=2.10.0=hdf6179e_0
- perl-app-cpanminus=1.7044=pl526_1
- perl-business-isbn=3.004=pl526_0
- perl-business-isbn-data=20140910.003=pl526_0
- perl-carp=1.38=pl526_3
- perl-constant=1.33=pl526_1
- perl-data-dumper=2.173=pl526_0
- perl-encode=2.88=pl526_1
- perl-exporter=5.72=pl526_1
- perl-extutils-makemaker=7.36=pl526_1
- perl-file-path=2.16=pl526_0
- perl-file-temp=0.2304=pl526_2
- perl-mime-base64=3.15=pl526_1
- perl-parent=0.236=pl526_1
- perl-uri=1.76=pl526_0
- perl-xml-libxml=2.0132=pl526h7ec2d77_1
- perl-xml-namespacesupport=1.12=pl526_0
- perl-xml-sax=1.02=pl526_0
- perl-xml-sax-base=1.09=pl526_0
- perl-xsloader=0.24=pl526_0
- sra-tools=2.10.0=pl526he1b5a44_0
- _libgcc_mutex=0.1=main
- libgcc-ng=9.1.0=hdf63c60_0
- libiconv=1.15=h63c8f33_5
- libstdcxx-ng=9.1.0=hdf63c60_0
- libxml2=2.9.9=hea5a465_1
- perl=5.26.2=h14c3975_0
- xz=5.2.5=h7b6447c_0
- zlib=1.2.11=h7b6447c_3
prefix: /storage/hpc/data/mrh8x5/miniconda/envs/ralp

还有蛇形档案规则

small_chip_SRAs = [11551734, 11551735]

rule all:
        input:
                expand("FAST_Q/SRR{SRAs}.fastq", SRAs=small_chip_SRAs)

rule get_sra_num:
        conda:
                "workflow/envs/chip_env.yml"
        output:
                sra_file="SRR{sra_num}/SRR{sra_num}.sra"
        threads:1
        shell:'''
                prefetch SRR{wildcards.sra_num}
                '''

rule get_fast_q:
        conda:
                "workflow/envs/chip_env.yml"
        input:
                sra_file="SRR{sra_num}/SRR{sra_num}.sra"
        output:
                fq="FAST_Q/SRR{sra_num}.fastq"
        threads:1
        shell:'''
                fastq-dump {input.sra_file} -O FAST_Q

错误消息在哪里？对于

预回迁

应该有一条错误消息，而不仅仅是Snakemake报告步骤失败。这就是slurm-*.out文件中的全部内容。该消息应该在哪里？尝试通过srun登录到slurm集群上的交互节点。看看您是否能在那里成功地执行该命令。@Maarten vd Sande，如问题中所述，我已经执行了此操作，并且在该场景中运行时没有错误“但是，如果我在具有相同Conda环境的终端中运行命令prefetch SRR11551735，则该命令成功，而不会通知非零退出代码。”@ChunkyT你没有说它来自一个交互节点。。。既然slurm out中没有出现错误消息，为什么不捕获它并将其发送到日志以查看错误消息是什么？错误消息在哪里？对于

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