C++ R和C++；

我需要计算两个与30000x30000密度矩阵的迹和逆相关的方程。方程是

-trace( W_i %*% C) 

及

---

我知道

W_I

，

W_j

和

C

的倒数。这些方程与皮尔逊估计函数有关。我试图使用R和package

Matrix

，但无法使用

solve（）

或

chol（）

和

chol2inv（）

计算C矩阵。我不知道用

solve（）

解方程组和计算轨迹后是否可能。通常使用solve函数来计算类似于

C^{-1}W=solve（C，W）

的东西，但我的公式有点不同。欢迎任何帮助。我正在考虑使用RcppArmadillo，但我不确定它是否能够计算我的方程式。

您可以使用RcppArmadillo，但必须注意内存使用。如果将以下代码另存为

arma\u test.cpp

，则可通过

Rcpp:：sourceCpp（'w\u graph\u class.cpp'）

获取。显然，矩阵数据是虚拟的，但它应该为您提供一个起点。另外，请查看反转

C

的替代方法，而不是使用

.i（）

，例如

pinv（）

等

请看这篇关于使用RcppArmadillo的大型矩阵的文章

#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List arma_calc() {

arma::mat C_inv = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);
arma::mat W_i = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);
arma::mat W_j = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);

double tr_1=-arma::trace(W_i*C_inv.i());

double tr_2=-arma::trace(W_i*C_inv.i()*W_j*C_inv.i());

return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("Trace1")=tr_1,Rcpp::Named("Trace2")=tr_2);
}

#包括
使用名称空间Rcpp；
//[[Rcpp:：depends（RcppArmadillo）]]
//[[Rcpp:：导出]]
Rcpp：：列出arma_calc（）{
arma:：mat C_inv=arma:：mat（300003000，arma:：fill:：randu）；
arma:：mat W_i=arma:：mat（30000300000，arma:：fill:：randu）；
arma:：mat W_j=arma:：mat（30000300000，arma:：fill:：randu）；
double tru 1=-arma:：trace（W_i*C_inv.i（））；
double tr_2=-arma:：trace（W_i*C_inv.i（）*W_j*C_inv.i（））；
返回Rcpp:：List:：create（Rcpp:：Named（“Trace1”）=tr_1，Rcpp:：Named（“Trace2”）=tr_2）；
}

如果你能提供一个小矩阵的例子，它将澄清关于你的问题的几点，并提供一个制定答案的目标。

#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::List arma_calc() {

arma::mat C_inv = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);
arma::mat W_i = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);
arma::mat W_j = arma::mat(30000,30000,arma::fill::randu);

double tr_1=-arma::trace(W_i*C_inv.i());

double tr_2=-arma::trace(W_i*C_inv.i()*W_j*C_inv.i());

return Rcpp::List::create(Rcpp::Named("Trace1")=tr_1,Rcpp::Named("Trace2")=tr_2);
}