Csv NetLogo-使用BehaviorSpace获得每次重复的所有海龟位置

我使用BehaviorSpace使用不同的参数运行模型数百次。但是我需要知道所有海龟的位置，而不仅仅是海龟的数量。如何使用BehaviorSpace实现它

目前，我通过以下代码将结果输出到csv文件中：

to-report get-locations
  report (list xcor ycor)
end

to generate-output
  file-open "model_r_1.0_locations.csv"
  file-print csv:to-row get-locations
  file-close
end

---

但是所有的结果都会弹出到同一个csv文件中，所以我无法判断每次运行的条件。

Seth建议将您的

csv

输出文件名中包含这些结果。它将允许您将该文件与主BehaviorSpace输出文件中的摘要数据相关联

另一个选择是在你的行为空间实验定义中包括作为“度量”的列表记者。例如，在您的情况下：

map [ t -> [ xcor ] of t ] sort turtles
map [ t -> [ ycor ] of t ] sort turtles

然后，您可以用自己喜欢的数据分析语言“手动”解析结果列表。我以前在Julia中使用过以下函数：

parselist(strlist, T = Float64) = parse.(T, split(strlist[2:end-1]))

我相信您可以轻松地用Python或R或您正在使用的任何语言编写一些等效代码

在上面的例子中，我为海龟的

xcor

和

ycor

输出了单独的列表。您还可以输出一个“列表列表”，但解析将更加复杂

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编辑：如何使用

csv

扩展名和R 巧合的是，我今天不得不为一个不同的项目做一些类似的事情，我意识到和R的组合可以使这变得非常简单

总体思路如下：

• 在NetLogo中，用于将列表数据编码为字符串，然后将该字符串直接写入行为空间输出

• 在R中，使用and，然后使用and，将所有内容解压缩到一个整洁的“每行观察一次”数据框中

换句话说：我们喜欢CSV，所以我们把CSV放在我们的CSV中，这样我们可以在解析的同时进行解析

这是一个成熟的例子。假设我们有以下NetLogo模型：

extensions [ csv ]

to setup
  clear-all
  create-turtles 2 [ move-to one-of patches ]
  reset-ticks
end

to go
  ask turtles [ forward 1 ]
  tick
end

to-report positions
  let coords [ (list who xcor ycor) ] of turtles
  report csv:to-string fput ["who" "x" "y"] coords
end

然后，我们使用我们的

positions

reporter作为输出，定义以下微小的行为空间实验，仅重复两次，时间限制为两次：

处理此问题的R代码非常简单：

库（tidyverse）
df%
突变（位置=映射（位置，读取csv））%>%
unnest（）

这将产生以下数据框，所有数据框都整洁：

> df
# A tibble: 12 x 5
   `[run number]` `[step]`   who      x        y
            <int>    <int> <int>  <dbl>    <dbl>
 1              1        0     0  16     10     
 2              1        0     1  10     -2     
 3              1        1     1   9.03  -2.24  
 4              1        1     0 -16.0   10.1   
 5              1        2     1   8.06  -2.48  
 6              1        2     0 -15.0   10.3   
 7              2        0     1 -14      1     
 8              2        0     0  13     15     
 9              2        1     0  14.0   15.1   
10              2        1     1 -13.7    0.0489
11              2        2     0  15.0   15.1   
12              2        2     1 -13.4   -0.902 

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您可能希望通过使用链接将

behaviorspace run number

合并到类似示例的filenamese中，为每次运行构造一个唯一的文件名。

using CSV, DataFrames
df = CSV.read("experiment-table.csv", header = 7)
cols = filter(col -> col != :positions, names(df))
df = by(df -> CSV.read(IOBuffer(df[:positions][1])), df, cols)