Google apps script 将PubMed数据拉入Google表单
我在找人帮忙。我正试图从PubMed获取一位作者的出版物,并使用Apps脚本将数据填充到Google表单中。我已经得到了下面的代码,现在卡住了 基本上,我所做的是首先从一个特定的作者那里提取所有的Pubmed ID,这个作者的名字来自于工作表的名字。然后我尝试创建一个循环来遍历每个Pubmed ID JSON摘要,并提取我想要的每个字段。我已经可以在酒吧约会了。我设置它的想法是,我将为我想要的PMID的每个字段执行一个循环,将其存储在一个数组中,然后将其返回到我的工作表中。但是,我现在无法获取第二个字段--Google apps script 将PubMed数据拉入Google表单,google-apps-script,google-sheets,pubmed,Google Apps Script,Google Sheets,Pubmed,我在找人帮忙。我正试图从PubMed获取一位作者的出版物,并使用Apps脚本将数据填充到Google表单中。我已经得到了下面的代码,现在卡住了 基本上,我所做的是首先从一个特定的作者那里提取所有的Pubmed ID,这个作者的名字来自于工作表的名字。然后我尝试创建一个循环来遍历每个Pubmed ID JSON摘要,并提取我想要的每个字段。我已经可以在酒吧约会了。我设置它的想法是,我将为我想要的PMID的每个字段执行一个循环,将其存储在一个数组中,然后将其返回到我的工作表中。但是,我现在无法获取第
标题
——以及所有后续字段(例如作者、最后一位作者、第一位作者等)
任何帮助都将不胜感激
function IMPORTPMID(){
var ss = SpreadsheetApp.getActiveSpreadsheet();
var sheet = ss.getSheets()[0];
var author = sheet.getSheetName();
var url = ("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=" + author + "[author]&retmode=json&retmax=1000");
var response = UrlFetchApp.fetch(url);
var AllAuthorPMID = JSON.parse(response.getContentText());
var xpath = "esearchresult/idlist";
var patharray = xpath.split("/");
for (var i = 0; i < patharray.length; i++) {
AllAuthorPMID = AllAuthorPMID[patharray[i]];
}
var PMID = AllAuthorPMID;
var PDparsearray = [PMID.length];
var titleparsearray = [PMID.length];
for (var x = 0; x < PMID.length; x++) {
var urlsum = ("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&retmode=json&rettype=abstract&id=" + PMID[x]);
var ressum = UrlFetchApp.fetch(urlsum);
var contentsum = ressum.getContentText();
var jsonsum = JSON.parse(contentsum);
var PDpath = "result/" + PMID[x] + "/pubdate";
var titlepath = "result/" + PMID[x] + "/title";
var PDpatharray = PDpath.split("/");
var titlepatharray = titlepath.split("/");
for (var j = 0; j < PDpatharray.length; j++) {
var jsonsum = jsonsum[PDpatharray[j]];
}
PDparsearray[x] = jsonsum;
}
var tempArr = [];
for (var obj in AllAuthorPMID) {
tempArr.push([obj, AllAuthorPMID[obj], PDparsearray[obj]]);
}
return tempArr;
}
函数importpid(){
var ss=SpreadsheetApp.getActiveSpreadsheet();
var sheet=ss.getSheets()[0];
var author=sheet.getSheetName();
变量url=(“https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=“+author+”[author]&retmode=json&retmax=1000”);
var response=UrlFetchApp.fetch(url);
var AllAuthorPMID=JSON.parse(response.getContentText());
var xpath=“esearchresult/idlist”;
var patharray=xpath.split(“/”);
对于(变量i=0;i
通过对给定PubMed ID的PubMed JSON响应,您应该能够确定要包含在摘要报告中的字段名(及其路径)。如果它们都处于同一级别,那么读取它们更容易实现,但是如果其中一些是子字段的属性,那么如果您在设置中提供了正确的路径,您仍然可以访问它们
考虑“源JSON”:
publid
和issn
字段将处于同一级别,而publications
和authors
不会处于同一级别
通过1)硬编码字段访问,或2)编写解析字段路径并提供字段路径的代码,可以在同一循环中检索pubMedId
和publications
字段(以及您需要的其他字段)
选项1可能会更快,但如果您突然想要获得一个新字段,则灵活性会大大降低,因为您必须记住如何编写代码来访问该字段,以及在何处插入该字段,等等。如果API发生变化,上帝保佑您
选项2很难正确,但一旦正确,将(应该)适用于您(正确)指定的任何字段。获取一个新字段就像在相关的配置变量中写入它的路径一样简单。可能有一些库可以为您这样做
将上述转换为电子表格行(在外部数组中,例如每一个代码> PUBMEMEDD ,例如查询API的ID),请考虑如下:
执行此操作将在Stackdriver中产生以下输出:
显然,您可能需要一些不同的(也称为real)字段,并且可能对如何报告它们有其他想法,所以我将这部分留给读者
欢迎任何对上述内容有改进的人提交PR
建议阅读:
- 解析嵌套JSON的Internet参考。有很多
[
{ "pubMedId": "1234",
"name": "Jay Sahn",
"publications": [
{ "pubId": "abcd",
"issn": "A1B2C3",
"title": "Dynamic JSON Parsing: A Journey into Madness",
"authors": [
{ "pubMedId": "1234" },
{ "pubMedId": "2345" }
]
},
{ "pubId": "efgh",
...
},
...
],
...
},
...
]
function foo() {
const sheet = /* get a sheet reference somehow */;
const resp = UrlFetchApp.fetch(...).getContentText();
const data = JSON.parse(resp);
// paths relative to the outermost field, which for the imaginary source is an array of "author" objects
const fields = ['pubMedId', 'name', 'publications/pubId', 'publications/title', 'publications/authors/pubMedId'];
const output = data.map(function (author) {
var row = fields.map(function (f) {
var desiredField = f.split('/').reduce(delve_, author);
return JSON.stringify(desiredField);
});
return row;
});
sheet.getRange(1, 1, output.length, output[0].length).setValues(output);
}
function delve_(parentObj, property, i, fullPath) {
// Dive into the given object to get the path. If the parent is an array, access its elements.
if (parentObj === undefined)
return;
// Simple case: parentObj is an Object, and property exists.
const child = parentObj[property];
if (child)
return child;
// Not a direct property / index, so perhaps a property on an object in an Array.
if (parentObj.constructor === Array)
return collate_(parentObj, fullPath.splice(i));
console.warn({message: "Unhandled case / missing property",
args: {parent: parentObj, prop: property, index: i, pathArray: fullPath}});
return; // property didn't exist, user error.
}
function collate_(arr, fields) {
// Obtain the given property from all elements of the array.
const results = arr.map(function (element) {
return fields.slice().reduce(delve_, element);
});
return results;
}