Graph 使用mcl和helper程序进行图形分析

我正在尝试使用马尔可夫聚类（mcl）算法的实现对数据进行聚类。我在算法描述中读到，可以将一个元素分配给多个集群。我该怎么做？到目前为止，我可以获得具有唯一点分配的群集，这是可能的。然而，这从来都不是一个经过充分研究的功能，一个问题是目前有几种选择，最重要的是mcl iterand。一种方法如下：

mcl MCL-GRAPH-FILE -o foobar -dump dag -dump-interval 1:6 -wself 0.4 -wmax 0.4
clm imac -imx dag-1.foobar -overlap keep -o imac-1.foobar
clm imac -imx dag-2.foobar -overlap keep -o imac-2.foobar
clm imac -imx dag-3.foobar -overlap keep -o imac-3.foobar
clm imac -imx dag-4.foobar -overlap keep -o imac-4.foobar
clm imac -imx dag-5.foobar -overlap keep -o imac-5.foobar

对于具有150个节点的（小型）图，除了保存 结果）：

[clmmate]保留重叠的实例
[clmmate]保留重叠的实例
[clmmate]保留重叠的实例
[clmmate]保留重叠的实例
[clmmate]保留重叠的实例

这表明与mcl iterands相关的重叠增加、达到峰值，然后再次减少。 最好使用“mcl图形文件”和一个单独的文件来跟踪标签。看看下面的例子。 -wself和-wmax参数指示mcl如何将iterand简化为更稀疏的图。这是转储的图形（带有“dag”前缀）。在本例中，参数非常松散，结果图实际上可能不是DAG（有向无环图）。使用默认参数时，它应该是DAG

[clmmate] kept <7> instances of overlap
[clmmate] kept <47> instances of overlap
[clmmate] kept <37> instances of overlap
[clmmate] kept <19> instances of overlap
[clmmate] kept <6> instances of overlap