Graph 打开GML（图形建模语言）格式文件时出现的问题

我正在尝试打开GML格式的文件，但无法工作。基本上，我使用一个名为ChemTraYzer的代码来生成一些与GML相关的文件，即一个.GML文件和一个包含一些必需图片的文件夹。以下是.gml文件：

graph [
    hierarchic 1
    label ""
    directed 1
    node [
            id "C"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_0.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[CH3]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_2.png"
            ]
    ]
    node [
            id "O"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_1.png"
            ]
    ]
    node [
            id "[OH]"
            graphics
            [
                    image "reac.pic/spec_5.png"
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "C"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "[CH3]"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]
    edge [
            source "[OH]"
            target "O"
            weight 1
            LabelGraphics
            [
                    text "[0]"
                    fontSize 32
            ]
    ]

]

还有一个名为reac.pic的文件夹，其中包含一些与此gml文件相关的图像

预计将导出如下图片：

---

我知道一些Python包，如Networkx或Java程序，如Gephi，可能能够根据需要打开GML文件。然而，我尝试了很多次，但都没有成功。如果有人能帮我，我将不胜感激。非常感谢

您的图形似乎是分层的，Gephi已经取消了对分层图形的支持，请参阅。除此之外，我怀疑Gephi GML进口商是否能够读取链接的图像。有一种解决方法是使用，但仅适用于Gephi 0.8.2

您发布的图形没有布局。你需要的是额外的软件将其转换为你发布的数字。正如ChemTraYzer原始出版物（doi:10.1021/acs.jctc.5b00201）所述，yEd软件做得相当好（）。我曾尝试使用一些python库来进行布局，但要自动获得外观良好的图形布局确实很困难。因此，我正在使用yEd的自动布局算法（在本例中是分层的），并手动重新排列节点和边