Graph 使节点更加分离（图形可视化）_Graph_Matplotlib_Graphviz_Networkx_Graph Visualization

Graph 使节点更加分离（图形可视化）

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我正试图从距离矩阵中画出一幅图。代码运行良好，给了我一个图像。图像很大，但所有节点都打包在一起。我想增加节点之间的空间。我希望节点之间的距离更大，而不是更大

我尝试了Graphviz NEATO，但问题是它只支持100个节点，因为我有1000个节点，它显示了10个集群，每个集群有100个节点

我的总体代码-

import networkx as nx
import pickle
import matplotlib.pyplot as plt
print "~~~Unpickle."
p_file = open('pickles/names')
Names = pickle.load(p_file)
p_file.close()
p_file = open('pickles/distance')
Dist = pickle.load(p_file)
p_file.close()

G = nx.Graph()

print "~~~Inserting Nodes."
for store in Names:
    G.add_node(store)

print "~~~Inserting Edges."

for i in range(601):
    for j in range(601):
        if Names[i]!=Names[j]:
            G.add_edge(Names[i],Names[j],weight=Dist[i][j])
print "~~~Drawing Graph."
nx.draw(G,pos,node_color='#A0CBE2',edge_color='none',width=1, edge_cmap=plt.cm.Blues, with_labels=False)
print "~~~Saving Figure."
plt.savefig("graph.png", dpi=500, facecolor='w', edgecolor='w',orientation='portrait', papertype=None, format=None,transparent=False, bbox_inches=None, pad_inches=0.1) 
print "~~~Success!"

输出（删除边缘和标签）：

具有600个节点的Graphvix NEATO输出-

来自文档：


图（num=None，figsize=（8,6），dpi=80，facecolor='w'，edgecolor='k'）

所以图（figsize=（10,10））创建了一个10英寸×10英寸的图像，它将是800×800像素

如果要打印大型网络图，最简单的方法是增加DPI

尝试以下方法：


plt.图（num=None，figsize=（10,10），dpi=1200）。这将生成一个大的图像文件。

您也可以尝试打印pdf


plt.savefig（“graph.pdf”）

使用此选项，最终图形将不会光栅化

要更改节点之间的距离，可以使节点变小或更改布局。改变布局很难做好

尝试布局中的缩放选项比如说,


比例=2

将使所有节点之间的距离加倍

因此，在您的示例中，更改行


nx.绘图（G）

到

您还可以使用不同的布局，有关详细信息，请参见