Image 使用Matlab将uint16 tiff图像保存为truecolor

我正在处理tiff格式的显微镜图像（在Matlab中），通常是uint8或uint16。基本上，我读取它们，将它们放入单元格数组中进行处理，然后以tiff格式将它们导出为图像序列或堆栈（分别使用imwrite和imwrite的“overwrite”或“append”writemode属性）。到目前为止，一切都很顺利

我遇到的问题如下：

当我用ImageJ打开图像时，它们不是在truecolor“RGB”颜色模式下，而是在合成模式下。例如，ImageJ以8位的形式读取数据，实际上是这样，但不能以truecolor的形式打开图像（很抱歉，我不知道正确的术语）。因此，我必须手动将3个通道组合在一起，这对于大型数据集来说很麻烦

这是一个屏幕截图解释。左边是我想要的，也就是说，如果我直接用ImageJ打开图像，我会得到什么，右边是我用Matlab保存图像并用ImageJ打开它们后当前得到的，这是我不想要的

我用于导出图像序列的代码如下所示。“FinalSequenceToExport”是包含图像的单元格数组

for i = 1:SliceNumber
    ExportedName = sprintf('%s%s%d.tiff',fileName,'Z',i);
  imwrite(FinalSequenceToExport{i},ExportedName,'tif','WriteMode','overwrite','Compression','none');

end

• 例如，如果我问Matlab FinalSequenceToExport{1}的大小，它会给出512 x 512 x 3
• 如果我在命令窗口中打开一个给定的图像，然后使用与上面相同的代码保存它，它会执行我想要的操作，结果图像会在ImageJ中按我想要的方式打开。因此，我的猜测是，问题产生于使用单元阵列，但我不知道如何解决

我希望我已经够清楚了。如果没有，请询问更多细节。

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谢谢你的帮助

您需要指定“颜色空间”

试试这个

imwrite(FinalSequenceToExport{i},ExportedName,...
       'tif','WriteMode','overwrite','Compression','none', ...
       'ColorSpace', 'rgb');

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在重新审视这个问题后，我发现以下方法可行，这要感谢@Ashish的提示：

imwrite(uint8(FinalSequenceToExport{i}/255),...);

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转换为uint8后，我只需要除以255。

你能在某处上传一个坏图像样本吗。或者用虚拟数据创建它？（RGB=uint8（rand（20,30,3）*100））并确认图像j将其视为非标准RGB图像？在我的机器上，imwrite（uint8（rand（10,10,3））、“/tmp/t”、“tif”、“WriteMode”、“overwrite”、“Compression”、“none”）；结果在ImageJ中像正常RGB一样读取它。而imwrite（uint16（rand（10,10,3））、“/tmp/t”、“tif”、“WriteMode”、“overwrite”、“Compression”、“none”）；结果在三层视图中，您似乎正在谈论。感谢您的快速回复！是的，如果我添加imwrite（uint8（FinalSequenceToExport{I}），…），它就会工作。然而，图像已经饱和，这可能是因为我在导入数据时使用了imadjust。谢谢你可以发布一个答案，如果你愿意，我可以接受。当我做Ashish所做的（“imwrite（uint16（…”）时，我得到的并不完全是你得到的（“1/3红色，…，16位”而不是“8位”）。所以有些东西可能还是不同的。但是我想只保存uint8就可以避免整个问题。ImageJ似乎只将RGB作为8位处理。感谢链接/comment@Trilarion，我会研究它！感谢提示！但是它会产生与以前相同的结果。