ipython:分析错误

ipython:分析错误,ipython,Ipython,在壳牌: balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300 "[H]OC(=O)C([H])([H])[C@@]1([H])C2=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])OC3=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C(C([H])=C3[H])C3=NC(OC([H])([H])C([H])([H])[H])=C(S3)C([H])([H]

在壳牌:

balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300 "[H]OC(=O)C([H])([H])[C@@]1([H])C2=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])OC3=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C(C([H])=C3[H])C3=NC(OC([H])([H])C([H])([H])[H])=C(S3)C([H])([H])[H])C([H])=C2C([H])([H])C1([H])[H]" AAA.pdb
它工作得很好。但是,当我尝试实现use ipython时,出现了一个错误,我的代码如下:

import os
str3="[H]OC(=O)C([H])([H])[C@@]1([H])C2=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])C([H]([H])C([H([H])OC3=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C(C([H])=C3[H])C3=NC(OC([H])([H])C([H])([H][H])=C(S3)C([H])([H])[H])C([H])=C2C([H])([H])C1([H])[H]"

str4="balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300  str3 AAC.pdb"

#os.system('balloon_options')
os.system(str4)
错误是:

无法分析输入str3语法分析器说:s之后出现语法错误 跳绳

问题出在哪里


顺便说一句,气球是一个软件,可以把微笑字符串转换成mol2或pdb格式。(微笑字符串就像[H]hoc(=O)C([H]C([H])[H][C([H][H]C([H]气球是一个软件,可以把微笑字符串转换成mol2或mol2或pdb格式。(微笑字符串就像[H]H]是[H]H]ho字符串像[H][H]H]C[H]C([H]C([H)C([H)C([H)C[H)C([H[H)C([H)C[H)C[H)C([H)C([H)C[H)C[H)C([H)C[H)C([H)C)C([H)C)C([H)C)C([H)C)C([H)C)C([H)C)C([H)C)C([H[H])

您希望将字符串
str3
的内容作为
气球/balloon
的参数,但是您将字符串
“str3”
作为参数,并且字符串
“str3”
无效

尝试使用以下行:

str4="balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300 " + str3 + " AAC.pdb"