Java 从线程执行时更改的相对路径

我正在制作一个web应用程序，它在某个时刻启动一个新线程，该线程从命令行执行一个jar文件。 当从应用程序外部调用命令行jar时，它可以正常工作，但是当我从线程调用它时，相对路径变成C:\eclipse\（我从eclipse运行应用程序），而不是它存储的目录，这会弄乱它的配置，因为它在错误的位置查找文件

jar创建了一个日志文件，每当我尝试调用它时，我都会在日志中写下这一行：“10/04/2012 17:09:03-java.io.FileNotFoundException:C:\eclipse\descriptors\analysis\u engine\AggregateAE.xml” jar不在C:\eclipse中。当我从提示符调用它时，我没有问题，但是当从新生成的线程调用它时，我有这个错误。我曾在生产环境中尝试过，但也遇到了同样的问题（这次基本路径是服务器的路径）

考虑到我不能修改所有路径，这个问题的解决方案是什么

编辑：这是调用jar的线程类

public class UimaThread extends Thread {
private int mode=0;
private String path;

public UimaThread(int mode, String path){
    this.mode=mode;
    this.path=path;
}

public void run() {
    Runtime run = Runtime.getRuntime();
    try {
        Properties config = ConfigLoader.getConfig();

        String uimaPath=config.getProperty("uimaPath")+ControlPanelUtils.getDelimiter(config.getProperty("uimaPath"));
//uimaPath is the absolute path to the jar file, mode and path are just arguments passed to the jar
        run.exec("java -jar "+uimaPath+"uimachainfull.jar "+mode+" "+path); 

    }

}

运行此命令的代码是：

public void startUima() throws IOException, ServletException {
    Properties config = ConfigLoader.getConfig();
    UimaThread uimaThread = new UimaThread(2, config.getProperty("docPath"));
    uimaThread.start();
}

---

我需要在服务器外部异步执行此操作，我在stackoverflow中询问了如何执行此操作，并被告知这样做：

我发现了如何执行此操作，而不是使用exec（String命令），我必须使用exec（String命令，String[]envp，File dir）和最后一个参数（dir）是可以作为新参数传递的工作目录

您如何“调用”这个JAR？显示代码。另外，我假设您知道Java web应用（JEE应用）在技术上不允许生成自己的线程或访问文件系统。一些容器允许这样做，但我很确定这样做是违反JEE规范的。我已经发布了代码。我在线程生成和文件系统方面没有问题。我的应用程序必须与文件系统访问一起工作。