在java中读取文件会产生错误的字符

我目前正在做Coursera生物信息学专业，我被困在反向补体问题上。我不是在问这个问题的答案，因为这是不道德的

当我用一个测试数据集测试我的解决方案时，我把它作为字符串直接放在源代码中，我的答案是正确的。但当我用从文本文件读取的数据集测试我的解决方案时，我得到了错误的答案。数据集由随机字符（A、T、C、G）组成

我的主要方法如下所示：

public static void main(String[] args) throws IOException
{
    String dataset = readFile("filepath/dataset_3_2 (7).txt");
    String output = reverseComplement(dataset);
    BufferedWriter writer = null;
    try
    {
        writer = new BufferedWriter( new FileWriter("ergebnis.txt"));
        writer.write(output);

    }
    catch ( IOException e)
    {
    }
    finally
    {
        try
        {
            if ( writer != null)
            writer.close( );
        }
        catch ( IOException e)
        {
        }
    }
    System.out.println(checkForWrongCharacters(dataset));
    System.out.println("Invalid characters: " + returnOthers(dataset));
}

由于输入数据集应该只包含字母A、G、C、T。因此，我实现了两种方法来检查无效字符

public static String returnOthers(String pattern)
{
    StringBuilder others = new StringBuilder();
    for(int i = 0; i < pattern.length(); i++)
    {
        char c = pattern.charAt(i);
        switch(c) {
        case 'A': continue;
        case 'G': continue;
        case 'T': continue;
        case 'C': continue;
        default: others.append(c);
        break;
        }
    }
    return others.toString();
}

---

这就成功了。有回车和换行符把结果搞砸了

public static void main(String[] args) throws IOException
{
    String dataset = readFile("filepath/dataset_3_2 (7).txt");
    String dataset1 = dataset.replace("\r","");
    String dataset2 = dataset1.replace("\n","");
    String output = reverseComplement(dataset2);
    BufferedWriter writer = null;
    try
    {
        writer = new BufferedWriter( new FileWriter("ergebnis.txt"));
        writer.write(output);

    }
    catch ( IOException e)
    {
    }
    finally
    {
        try
        {
            if ( writer != null)
            writer.close( );
        }
        catch ( IOException e)
        {
        }
    }
    System.out.println(checkForWrongCharacters(dataset));
    System.out.println("Invalid characters: " + returnOthers(dataset));
}

---

您的readFile方法是什么样子的？能否打印从readFile（）返回的内容以进行调试？我无法打印字符串数据集的内容（其中包含使用readFile（）方法读取的文件的内容），因为内容太大。该文件包含8925个字符。当我尝试打印时，没有打印任何内容。在调试模式下，我可以看到数据集包含读取的文本文件的字符串，但我无法检查整个字符串，因为它有8925个字符。我发现了错误。有一个回车符（\r）被放入字符串数据集中。这样，您将得到四个独立的数据副本。您至少应该为所有

replace（）

结果重用相同的变量。但是，如果文件由行组成，那么首先使用

readLine（）

读取文件会简单得多。

public static String readFile(String filename) throws IOException
{
    String content = null;
    File file = new File(filename);
    FileReader reader = null;
    try {
         reader = new FileReader(file);
         char[] chars = new char[(int) file.length()];
         reader.read(chars);
         content = new String(chars);
         reader.close();
    } catch (IOException e) {
          e.printStackTrace();
    } finally {
        if(reader !=null){reader.close();}
    }
    return content;
}

public static void main(String[] args) throws IOException
{
    String dataset = readFile("filepath/dataset_3_2 (7).txt");
    String dataset1 = dataset.replace("\r","");
    String dataset2 = dataset1.replace("\n","");
    String output = reverseComplement(dataset2);
    BufferedWriter writer = null;
    try
    {
        writer = new BufferedWriter( new FileWriter("ergebnis.txt"));
        writer.write(output);

    }
    catch ( IOException e)
    {
    }
    finally
    {
        try
        {
            if ( writer != null)
            writer.close( );
        }
        catch ( IOException e)
        {
        }
    }
    System.out.println(checkForWrongCharacters(dataset));
    System.out.println("Invalid characters: " + returnOthers(dataset));
}