如何从java中存储在另一个文件中的数据中查找序列的重复次数？
所以我有一个.txt文件存储了一个基因组（它是一个长序列的重复序列与a，C，G，T的组合），例如- TCGTGTTGAGAGGTATGAGACCTCTGGCAAGTACTTTGCCTACAGAGAGAA…（它包含数百万个重复字符，存储在单独的文件中）如何从java中存储在另一个文件中的数据中查找序列的重复次数？,java,algorithm,bioinformatics,Java,Algorithm,Bioinformatics,所以我有一个.txt文件存储了一个基因组（它是一个长序列的重复序列与a，C，G，T的组合），例如- TCGTGTTGAGAGGTATGAGACCTCTGGCAAGTACTTTGCCTACAGAGAGAA…（它包含数百万个重复字符，存储在单独的文件中） 现在我想写一个代码来找出完整基因组中“ACGT”序列基序的数量。请找个人帮忙。这是一个简单的例子。目前已经有一些应用程序可以执行这种功能，它们使用的数据结构旨在减少搜索多个序列所需的时间。如果要对多个查询字符串运行这种搜索，应该使用这些工具之一，而
现在我想写一个代码来找出完整基因组中“ACGT”序列基序的数量。请找个人帮忙。这是一个简单的例子。目前已经有一些应用程序可以执行这种功能，它们使用的数据结构旨在减少搜索多个序列所需的时间。如果要对多个查询字符串运行这种搜索，应该使用这些工具之一，而不是在java中执行线性搜索 这也可能有帮助