无法执行'；x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'；：没有这样的文件或目录（pysam安装）

我正在尝试安装pysam

执行后：

python path/to/pysam-master/setup.py build

产生此错误的原因是：

unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory
error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

也有类似的线程，但它们似乎都解决了管理员权限的问题，而我没有。有没有办法安装所需的文件

免责声明：这个问题源于我以前的一篇文章。

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但是，由于它可能需要一种不同的方法，我把它作为自己的问题

看起来Anaconda有一个新版本（4.3.27），它将C编译器路径设置为一个不存在的可执行文件（相当令人尴尬的错误；我相信他们很快就会修复它）。我在使用最新的Miniconda安装pip时遇到了类似的问题，我通过使用4.3.21版本修复了该问题，并确保我没有执行类似于

conda update conda

的操作

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查看哪些有发布日期和版本。

在

$PATH

中的某个地方（例如，

~/bin

），执行以下操作

不要将其放在系统目录或conda的bin目录中，记住在上游问题解决后删除链接<代码>gcc--版本应为版本6

编辑：我理解评论中反对操纵系统路径的情绪，但也许我们可以在背诵教义之前对手头的实际案例进行一些批判性思考。我们对上面的命令到底做了什么？只不过是把一个名为

x86\u 64-conda\u cos6-linux-gnu-gcc

的可执行文件（symlink）放在个人

~/bin

目录中

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如果在个人

~/bin

目录中放入某个内容会破坏未来的

conda

（在它修复了指向它嵌入的

gcc

的C编译器路径之后），那么这将是

conda

的错误。这个详细命名的编译器的存在会影响其他任何事情吗？也不太可能。即使有什么东西捡到了它，它毕竟只是你的系统。

gcc

。

现在应该可以安全地更新conda了。以下针对linux-64的python包修复了这一问题：

• python-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
• python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
• python-2.7.13-hac47a24_15.tar.bz2
• python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

这个问题正如Jon Riehl所描述的——我们（Anaconda，以前的Continuum）使用我们使用crosstool ng创建的新GCC包来构建我们的所有包。这个包没有gcc，它有一个前缀gcc——您看到的缺少的命令，

x86\u 64-conda\u cos6-linux-gnu-gcc

。这将被烘焙到python中，使用该python构建的任何扩展都会寻找该编译器。我们已经使用添加到PYTHON 3.6中的_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME变量修复了这个问题。我们已经将其向后移植到Python2.7和3.5。您现在只能看到使用默认编译器（gcc）的python，并且必须将_python_SYSCONFIGDATA_名称设置为适当的文件名才能使用新的编译器。设置此变量是我们将放入编译器包的激活脚本中的内容，因此您无需担心它。不过，我们可能需要一两天的时间才能推出新的编译器包，因此，如果您想使用新的编译器并需要入门帮助，请在conda build issue tracker上发布问题

有关守则的更改载于：

• py27：
• py35：
• py36：

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如果R是使用conda安装的，那么在安装某些R软件包时也会收到相同的错误（正如我所做的那样）

然后只需执行：

conda install gxx_linux-64

即可安装该软件包，使该命令可用

资料来源：

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对我有效的解决方案是使用conda安装r软件包：

conda install -c r r-tidyverse 

或者r-gggplot2，r-readr

还要确保安装不会因为管理员权限而失败

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这会帮你省去很多痛苦

这几天前就开始出现了，但似乎仍然是个问题。我也有同样的问题。执行

conda更新anaconda

可以解决问题。实际上，它需要将Python升级到版本

3.6.2-hdfe5801_15

，将Anaconda升级到版本

5.0.0.1-py36hfb0b618_1

，现在我遇到了相同的错误，但不同的是：

cc1:error:unrecogned command line option”-fstack protector strong“cc1:error:unrecogned command line option”-fno plt”pysam/libchtslib.c:1:error:bad value（haswell）for-mtune=开关错误：命令“x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc”失败，退出状态为1

我建议不要随意摆弄符号链接来解决此类问题。Jon Riehl提到了一个bug的存在和问题的合理解决方案（使用早期的conda）。@Sergio.pv您可能需要更新gcc。请检查gcc--version，并确保至少是6。@Pierredebyl您能解释一下原因吗？Nirlzr表示这个错误已经存在了几天。这意味着您必须冻结conda版本，因为

conda安装任何_软件包都会更新conda本身。我不知道为什么这是一个更好的解决办法，特别是如果这个错误确实是由于某个地方新发布的硬编码编译器名称引起的。为了防止conda更新自己，
conda config--set auto_update_conda false
可以确认这对我来说是有效的。我先安装了给我带来问题的工具，然后重新安装了spyder和所有其他工具，因为我在第一次运行
conda install
后被迫更新，所以安装时没有遇到问题。这是正确的。谢谢你，乔恩。问题在于python在构建时烘焙了几个与编译器相关的变量。我们正在使用新的编译器，它们是“带前缀的”。gcc不存在——只有x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc。这样做是为了避免冲突，但要付出复杂的代价（以及bug的风险），新的python包很快就会面世。这个问题正在讨论中
conda install -c r r-tidyverse