Linux 如何使GNU并行使用记录分隔符从多个文件获取输入

我有一个可以通过以下方式执行的代码：

$ ./mycode [param1] [param2] [input1-fasta] [input2-fasta] [output-file]

例如，要执行它：

 $ ./mycode 4 4 input.fasta input2.fasta output.txt

通常，代码会对所有序列进行比较

Fasta文件如下所示：

>Seq_1 
TTTGTTTGCTTCATATTGTAATTAATTTTAAAGAAA
>Seq_2
CTGTGACAAATTGCCCTTAACCCTGTGACAAATTGC

请注意，两个输入的序列数可能不同

我想做的是使用多核运行该代码命令，并使用。 希望它能跑得更快

所以我尝试了这个命令：

$ parallel --pipe --recstart '>' "./mycode 4 4 input.fasta input2.fasta output.txt"

但它没有执行，而是给了我这个：

parallel: Warning: Input is read from the terminal. Only experts do this on purpose. Press CTRL-D to exit.

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正确的方法是什么？

不太清楚您期望这样做会产生什么效果：

parallel --pipe --recstart '>' "./mycode 4 4 input.fasta input2.fasta output.txt"

如果你想要全部对全部，我建议你把大文件分成块，然后用小文件测试每个块。比如：

cat big.fasta | parallel --pipe --recstart '>' "./mycode 4 4 small.fasta - output{#}.txt"

要使用--pipe，您的程序必须能够从标准输入（stdin）读取数据，因此“-”。如果无法尝试bash的重定向魔法：

cat big.fasta | parallel --pipe --recstart '>' "./mycode 4 4 small.fasta <(cat -) output{#}.txt"

cat big.fasta | parallel--pipe--recstart'>'”/mycode 4 4 small.fasta