&引用；查找和提取单次命中的匹配项”；从blat输出来看，Mac与linux的语法是什么？

问题：输出文件“single_hits.txt”为空：

cut -f10 genome_v_trans.pslx | sort | uniq -c | grep '      1 ' | sed -e 's/      1 /\\\</' -e 's/$/\\\>/' > single_hits.txt

---

然后这个脚本应该删除相同的contig，比如前两个（m.1）

这似乎对您提供的有限数据有效

grep -v `awk '{print $10}' genome_v_trans.pslx | uniq -d` genome_v_trans.pslx

除非您希望它代替重复项，否则您可以替换重复项，然后可以执行以下操作：

IFS=$（echo-en“\n\b”）和&in$（awk'{print$10}'基因组_v_trans.pslx | uniq-d）；do sed-i“s/$a//g”基因组_v_trans.pslx；已完成和取消设置IFS

结果：

964 0 0 0 3 292+1461 0 964 3592203

501030468-146196014615269699

116800127232-m.7292117011705233270

或者，如果您希望在singlehits文件中显示：

IFS=$（echo-en“\n\b”）&对于$（awk'{print$10}'dna.txt | uniq-d）中的a；do sed“s/$a//g”dna.txt>>singlehits.txt；已完成和取消设置IFS

SINGLE\u TMP=/TMP/\u SINGLE\u TMP$$&&awk{if（$10==“”）print}'singlehits.txt>“$SINGLE\u TMP”和&mv“$SINGLE\u TMP”singlehits.txt&&unset SINGLE\u TMP

或者更优雅：

sed-ni'//p'singlehits.txt

singlehits.txt：

964 0 0 0 3 292+1461 0 964 3592203

---

501 0 0 0 0 3 468-1461 960 1461 5269699…

问题顶部的脚本和底部的脚本是否应该有所不同？您可以使用

uniq-u

仅打印未重复的行，不要将管道连接到

grep

。确保

.pslx

文件中的字段用制表符分隔，而不是空格。这就是

cut

使用的默认字段分隔符。或者你可以使用

awk'{print$10}'

，它可以处理任何类型的空白。你试图获取字段10，但在你的描述中你提到了字段10和11（m.1 1461）。@Barmar uniq-u确实识别匹配项，但似乎只是删除了一个命中项，而不是两个。

grep -v `awk '{print $10}' genome_v_trans.pslx | uniq -d` genome_v_trans.pslx