Macos Mac而非Windows或Linux上的perl大型IO错误（添加了不能选择的换行符）

我已经在十几台Windows机器、六台Mac和一台Linux机器上测试了我的程序，它在Windows和Linux上都能正常工作，但在Mac上却不能。我的程序设计用于处理蛋白质数据库文件，这些文件是从250MB到10GB的文本文件。我用250MB文件的十分之一制作了一个用于调试的示例文件，但发现较小的文件没有出现错误

我已经将错误缩小到了这段代码，在这段代码中，

$tempFile

，是蛋白质数据库文件：

open(ps_file, "..".$slash."dataset".$slash.$tempFile) 
         or die "couldn't open $tempFile";
while(<ps_file>){
    chomp;


    my @curLine = split(/\t/, $_);
    my $filter = 1;
    if($taxon){
        chomp($curLine[2]);

        print "line2 ".$curLine[2].",\t".$taxR{$curLine[2]}."\n";

        $filter = $taxR{$curLine[2]};
    }
    if($filter){
        checkSeq(@curLine);
    }
}

open（ps_文件，“..”$slash.“数据集”$slash.$tempFile）
或者死亡“无法打开$tempFile”；
while（）{
咀嚼；
my@curLine=split（/\t/，$）；
我的$filter=1；
if（税种）{
chomp（$curLine[2]）；
打印“line2”。$curLine[2]。”，\t.“$taxR{$curLine[2]}。”\n”；
$filter=$taxR{$curLine[2]}；
}
如果（$filter）{
checkSeq（@curLine）；
}
}

这是打印语句输出的屏幕截图，显示特殊字符：

这是Windows计算机上的输出外观：

下面是$temp文件中1行的示例

---

>sp | P48255 | ABCX | CYAPA可能的ATP依赖性转运体ycf16 OS=Cynophora paradoxa GN=ycf16 PE=3 SV=1MSTEKTKILEVKNLKAQVDGTEILKGVNLTINGHAIGPNGSGKSTFKILAGHPAYQVTGGEGILFKNLLELEPEARAGVFNIDFRLLAYNNRRKEELDELPLTFYSIVEKLNVKMDPFLNRNGEGFNGGEKRNEILQMALLNPLAILDTSGLDALIDALRIVAEGVNQLSENSILITYQRLLDYIVYHVMQIGLKRELAKELYGYDWELENKK CYAPA

问题可能在于行尾不一致。如果，正如我所怀疑的那样，尾随空格并不重要，那么最好删除它，而不是

chomp

ing

另请注意：

• 裸字文件句柄，如

  ps_file

  是在一定距离内受操作的包全局变量，请使用词法文件句柄

• 使用

  File:：Spec

  或

  Path:：Class

  以独立于平台的方式处理文件路径

• 如果打开文件时出错，请包含完整文件路径和错误消息

• 在

  chomp;
  
  my @curLine = split(/\t/, $_);
  my $filter = 1;
  if($taxon){
      chomp($curLine[2]);
  

$curLine[2]

来自一个作为行读入的字符串，并且

chomp

ed。我不明白您为什么要再次咀嚼它

以下是您的代码片段的整理版本：

use File::Spec::Functions qw( catfile );

my $input_file = catfile('..', dataset => $tempFile);


open my $ps_file, '<', $input_file
    or die "couldn't open '$input_file': $!";

while (my $line = <$ps_file>) {
    $line =~ s/\s+\z//; # remove all trailing space

    my @curLine = split /\t/, $line;

    my $filter = 1;
    if ($taxon) {
        my $field = $curLine[2];
        $filter = $taxR{ $field };

        print join("\t", "line2 $field", $filter), "\n";
    }
    if ($filter) {
        checkSeq(@curLine);
    }
}

use File:：Spec:：Functions qw（catfile）；
我的$input_file=catfile（“..”，数据集=>$tempFile）；
打开我的$ps_文件，用250MB的文件修复了它。我现在要用10GB的文件测试它，但这需要30分钟才能运行。非常感谢