Macros 斐济宏如何使用给定的LUT和插件

我需要在斐济写一个宏。 首先，我录制一个宏来执行我想要的操作。结果如下：

run("Size...", "width=512 height=512 depth=497 average interpolation=None");
run("Rotate 90 Degrees Right");
run("Flip Horizontally", "stack");
run("Make Substack...", "  slices=5-300");
run("isolum_cbs_strict");
run("Z Code Stack", "depth=Current");
run("Z Project...", "start=1 stop=296 projection=[Standard Deviation]");

我想在一个批处理模式。所以我自己写了一个宏：

file = getArgument;
if (file=="") exit ("No argument!");
setBatchMode(true);
file_vasc = file;
open(file_vasc);
run("Size...", "width=512 height=512 depth=497 average interpolation=None");
run("Rotate 90 Degrees Right");
run("Flip Horizontally", "stack");
run("Make Substack...", "  slices=5-200");
run("isolum_cbs_strict"); 
run("Z Code Stack", "depth=Current");
run("Z Project...", "start=1 stop=196 projection=[Max Intensity]");
file_vasc_out = replace(file, "\\_pvar-8bit_combined.tif", "_maxZprojection.tif");
saveAs("Tiff", file_vasc);

但是，对于

run（“isolum\u cbs\u strict”）

和

run（“Z code Stack”，“depth=Current”）

我得到了宏错误作为未定义的变量。 我如何访问位于以下位置的lut：

C:\Program Files\Fiji.app\luts\isolum_cbs.lut

C:\Program Files\Fiji.app\plugins\Stacks - Z-functions

和位于以下位置的插件：

C:\Program Files\Fiji.app\luts\isolum_cbs.lut

C:\Program Files\Fiji.app\plugins\Stacks - Z-functions

谢谢你的帮助

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Corinne

解决方案是提供

-ijpathpath

作为斐济的参数。然后，LUT、插件等都是相对于此路径派生的。换句话说，传递以下参数：

-ijpathpath“C:\Program Files\Fiji.app”

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请注意，重要的是，路径末尾不能有反斜杠。

请使用提供的启动器Executable来运行宏，而不是使用java运行时来启动Fiji/ImageJ：

fiji-win64.exe D:\your_macro.ijm D:\your_image.tif

或者（本质上相同）：

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ImageJ启动器负责提供从命令行运行宏和脚本所需的所有环境。它甚至提供了一个

--headless

选项来运行脚本，甚至不显示用户界面。查看斐济的。

如何运行宏？从命令行？当我将一个

isolum\u cbs.lut

放入斐济的

luts

文件夹时，命令

run（“isolum\u cbs”）

按预期工作。您确定所有名称都正确吗？我正在使用以下命令行运行我的宏：“C:\Program Files\Fiji.app\java\win64\jdk1.6.0\u 24\jre\bin\java.exe”-Dplugins.dir=Fiji.app \-jar“C:\Program Files\Fiji.app\jars\ij.jar”-批处理D:\function D:\img1.t如果我不理解的是，如果我执行命令run（““isolum\u cbs \-jar”）在斐济，通过插件>宏>运行它正在工作。。。我想我必须定义查找luts文件夹的位置，但我没有在命令行中找到这样做的方法。