如何将非常大的MATLAB稀疏矩阵保存到文本文件中？

我在MATLAB（版本7）中有一个30000x14000稀疏矩阵，我需要在另一个程序中使用它。调用save不会将其写入ASCII（不支持）。对此怪物调用

full（）

会导致

内存不足

错误。

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如何导出它？

您尝试过分区吗

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我的意思是，尝试对前1000行（或5000行）调用full（），然后重复该过程（如果可行）。

将稀疏矩阵保存为

.mat

文件。然后，在另一个程序中，使用合适的库读取

.mat

文件

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例如，如果另一个程序是用Python编写的，您可以使用

scipy.io.mio.loadmat

函数，它支持稀疏数组，并为您提供一个稀疏numpy矩阵。

如果这几乎是一次性处理，那么我只需迭代该矩阵，然后通过蛮力将矩阵写入ASCII文件，或者对行的子集使用@suggestion并调用full（）。这可能需要一段时间，但可能比在MATLAB环境之外学习如何读取.mat文件要快

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如果这是你需要反复做的事情，那么我会接受@的建议，使用一个库来读取.mat文件。

我使用MATLAB中的Java将其保存为文本。 MATLAB代码：

pw=java.io.PrintWriter(java.io.FileWriter('c:\\retail.txt'));
line=num2str(0:size(data,2)-1);
pw.println(line);
for index=1:length(data)
    disp(index);
    line=num2str(full(data(index,:)));
    pw.println(line);
end
pw.flush();
pw.close();

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这里的

数据

是一个非常大的稀疏矩阵。

使用

查找

函数获取非零元素的索引

idcs = find(data);
vals = data(idcs);
...save the index vector and value vector in whatever format you want...

如果需要，可以使用

ind2sub

将线性索引转换为行、列下标

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如果需要在matlab中从下标+值重新创建稀疏矩阵，请使用

spconvert

您可以使用find获取索引和值向量：

[i,j,val] = find(data)
data_dump = [i,j,val]

您可以使用spconvert从数据转储重新创建数据，这意味着“从稀疏矩阵外部格式导入”（因此我想这是一种很好的导出格式）：

您可以使用以下命令保存到ascii：

save -ascii data.txt data_dump

但这会将索引转储为双精度，您可以使用fopen/fprintf/fclose更精确地写出它：

fid = fopen('data.txt','w')
fprintf( fid,'%d %d %f\n', transpose(data_dump) )
fclose(fid)

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希望这有帮助。

dlmwrite-将矩阵写入ASCII分隔文件 语法

dlmwrite（文件名，M）

dlmwrite（文件名，M，'D'）

dlmwrite（文件名，M，'D'，R，C）

dlmwrite（文件名，M，'attrib1'，value1，'attrib2'，value2，…）

dlmwrite（文件名，M，'-append'）

dlmwrite（文件名，M，'-append'，属性值列表）

使用以下脚本： ，将MATLAB稀疏矩阵写入MatrixMarket文件

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这可能也很有用。

是的，这始终是一个选项，编写ascii块并在以后合并它们可能会花费很多时间。我很困惑-为什么要使用java.io而不是MATLAB的内置fopen和fprintf？可能是因为我比MATLAB更了解java，而且它是一个一次性代码，所以它不需要漂亮。它只需要正常工作：）fprintf命令期间的数据转储应该在使用之前根据文档进行转换（）。这是因为数据是按顺序写入的。

fid = fopen('data.txt','w')
fprintf( fid,'%d %d %f\n', transpose(data_dump) )
fclose(fid)