Multithreading 如何在bash脚本中使用并行编程/多线程？

这是我的剧本：

#!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest

for f in $sourcedir/*
do
    fbase=$(basename "$f")
    echo "Inside $fbase"
    zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz
    zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R2.fastq.gz
done

---

在“source”目录中大约有30个子目录。每个子目录都有特定的R1.fastq.gz文件和R2.fastq.gz文件，我想将它们合并到一个R1.fastq.gz和R2.fastq.gz文件中，然后将合并的文件保存到目标目录。我的代码运行良好，但由于数据量大，我需要加快速度。我只是想知道有没有办法在我的脚本中实现多线程编程？如何运行脚本以使多个作业并行运行？bash脚本新手，希望您能提供帮助。

我不确定，但您可以尝试在命令末尾使用

&

，如下所示

zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz &
zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R2.fastq.gz &

---

最简单的方法是在后台执行命令，在命令末尾添加

&

：

#!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest

for f in $sourcedir/*
do
    fbase=$(basename "$f")
    echo "Inside $fbase"
    zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz &
    zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R2.fastq.gz &
done

从：

如果命令由控制运算符“&”终止，则shell在子shell中异步执行该命令。这称为在后台执行命令。shell不会等待命令完成，返回状态为0（true）。当作业控制处于非活动状态时（请参见作业控制），在没有任何显式重定向的情况下，异步命令的标准输入将从/dev/null重定向

---

我实际上指的是关于这个的其他stackoverflow问题，他们提到了一些像pid和等待之类的东西。那么，在命令末尾添加&是否是并行化作业的有效方法？@user2703967是的。。。添加

&

会生成一个新的子shell，它会在脚本继续运行时自动运行。如果您需要比这更复杂的东西，您可能不应该首先使用bash。谢谢，最后一个问题。当我在“完成”之后使用“等待”时，会有什么不同？@user2703967让你的操作系统来处理它（它会这样做）。除非你做的事情太复杂了，以至于连想都不敢想在bash中做，否则这真的不值得担心。哥们，这纯粹是天才。太明显了！哇！非常感谢。既然您清楚地了解了生物信息学，您应该阅读以下内容：