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使用Perl在数组中循环以比较两个值

perl if-statement

使用Perl在数组中循环以比较两个值,perl,if-statement,foreach,Perl,If Statement,Foreach,我有一个大数据集（29列乘以19000行），我希望能够比较每行的值并打印描述性输出 具体地说，我想查询列A（@WTcall）中的值，该列实际上是一个pass/fail语句。如果数据失败，我想打印“fail语句”并转到下一行，但如果数据通过，我想继续描述数据 下一个问题是确定X列（@正）和Y列（@负）中的数据属于哪种分类： （例如： 如果X列和Y列>=0.6，则打印“ABC” 如果X列和Y列=0.6，但列Y=0.6，Y>=0.6，然后是“ABC” X

我有一个大数据集（29列乘以19000行），我希望能够比较每行的值并打印描述性输出

具体地说，我想查询列A（@WTcall）中的值，该列实际上是一个pass/fail语句。如果数据失败，我想打印“fail语句”并转到下一行，但如果数据通过，我想继续描述数据

下一个问题是确定X列（@正）和Y列（@负）中的数据属于哪种分类：

（例如：

如果X列和Y列>=0.6，则打印“ABC”

如果X列和Y列<0.6，则打印“CBA”

如果列X>=0.6，但列Y<0.6，则打印“DEF”

如果列X<0.6但列Y>=0.6，则打印“FED”

否则打印“缺少数据”。）

我已经包括了我在下面编写的代码以及示例数据的子集

我在发布之前运行的测试在代码中被注释掉了。简而言之，如果我注释掉“if和elsif语句”列表，请打印“@WTcall”\t@positive\t@negative\n“并通过head命令进行传递-我的变量似乎正在提取正确的信息

问题出现在实际比较中，因为每一行都使用“甲基化\t甲基化\n”描述进行分类。 我不清楚为什么会这样。我知道我有@WTcall列应该匹配$BadPosition（通过/失败检查）的条目。此外，如果我再次注释掉“if语句”，请打印“@WTcall\n$BadPosition”并通过sort和uniq传递它-我只得到一个“No_WT_conconsensus”的值，因此应该不会出现打字错误或匹配这些值的问题

我确信这个问题是显而易见的，并且就在我面前，所以我真的非常感谢任何帮助

多谢各位

代码：

以
@
符号开头的变量是数组。在比较数组时，您将对其施加数值标量上下文，因此它返回其大小

单值不需要数组，只需使用标量即可

不要将特殊变量
$1
用作循环变量。它让人困惑，取消了它的特殊行为

下面是我如何重写你的程序。它仍然抱怨将“空白”与数字进行比较，但我不确定您想对这些值做什么

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
die "Usage: $0 Filename\n" if @ARGV != 1;

my $file = shift;
my $BadPosition = 'No_WT_Concensus';

open my $infh, '<', $file or die "$file: $!";

while (<$infh>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    my ($wt_call, $positive, $negative) = @columns[0, 14, 29];

    if ($wt_call eq $BadPosition) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Methylated\tMethylated\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative <= 0.6) {
        print "Under-methylated\tUnder-methylated\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative <=0.6) {
        print "Hemimethylated (m6A)\tHemimethylated (A)\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Hemimethylated (A)\tHemimethylated (m6A)\n";
    } else {
        print "Missing_Site\tMissing_Site\n";
    }
}

#/usr/bin/perl
严格使用；
使用警告；
如果@ARGV！=1.
我的$file=shift；
我的$BadPosition='不同意'；

打开我的$infh，“以下是您的需求，经过编辑以显示并行结构：


    

  • X>=0.6，Y>=0.6，然后是“ABC”
    • 

  • X<0.6，Y<0.6，然后是“CBA”
    • 

  • X>=0.6，但Y<0.6，则为“DEF”
    • 

  • X<0.6但Y>=0.6，然后“馈电”
    • 



一些要求是
<0.6
，但在代码中，您有
不要使用像
$1
这样的特殊变量作为循环变量。请注意，代码中存在一个小问题，
$positive
和
$negative
都是0.6，这两个变量匹配所有分支，所以排序很重要。@briandfoy我使用了与原始代码相同的顺序。此外，这也是为什么我没有将其转换为基于
$positive 0.6
和
$negative 0.6
的2D调度表的原因。感谢您帮助我尝试分析带有代码的问题。在示例数据上运行此脚本会引发很多警告&仍然无法正确解析数据。这是输出：
在CallMethylation.New.pl第18行第1行的数字ge（>=）中使用未初始化值$positive。在数值lt中使用未初始化值$positive（当我对示例数据运行脚本时，第一行返回
Methylated Methylated
。是否确实复制了“粘贴”我的代码而没有输入错误？此外，我收到以下警告：
参数“blank”在数值ge中不是数值（>=）在./1.pl第18行
或
…第20行
。如果您检查数据，列中确实有“空白”，但您没有说明如何处理此值。

Methylated  coding gene 619 thrA    NC_000913.3 pos 3   1   0.9535  1   NC_000913.3 619 +   18  0.8889  Methylated  coding gene 620 thrA    NC_000913.3 neg 3   0.9429  0.9756  0.9714  NC_000913.3 620 -   14  1
No_WT_Concensus coding gene 195410  ispU    NC_000913.3 pos 2   0.5789  0.766   0.6071  NC_000913.3 195410  +   39  0.5897  Methylated  coding gene 195411  ispU    NC_000913.3 neg 3   0.75    0.9074  0.9306  NC_000913.3 195411  -   21  0.8095
Under-methylated    pseudogene  3632965 yhiL    NC_000913.3 pos 0   0.0323  0.1429  0.0962  NC_000913.3 3632965 +   22  0.0909  Under-methylated    pseudogene  3632966 yhiL    NC_000913.3 neg 0   0.1463  0.175   0.1429  NC_000913.3 3632966 -   23  0
Methylated  intergenic  164636  hrpB-mrcB   NC_000913.3 pos 3   0.7381  0.7647  0.7273  NC_000913.3 164636  +   25  0.8 Methylated  intergenic  164637  hrpB-mrcB   NC_000913.3 neg 3   0.7 0.7931  0.7213  NC_000913.3 164637  -   25  0.4
Methylated  intergenic  269287  ykfA-perR   NC_000913.3 pos 3   0.875   0.8833  0.931   NC_000913.3 269287  +   22  0.8182  Methylated  intergenic  269288  ykfA-perR   NC_000913.3 neg 3   0.8077  0.6866  0.6491  NC_000913.3 269288  -   17  0.5294
Methylated  coding gene 4397856 mutL    NC_000913.3 pos 3   0.9245  0.9831  0.9661  blank   blank   blank   blank   blank   Methylated  coding gene 4397857 mutL    NC_000913.3 neg 3   0.9783  0.9808  0.9683  NC_000913.3 4397857 -   1   0
Methylated  coding gene 4397969 mutL    NC_000913.3 pos 3   0.9643  0.9524  1   blank   blank   blank   blank   blank   Methylated  coding gene 4397970 mutL    NC_000913.3 neg 3   1   1   1   blank   blank   blank   blank   blank
Methylated  coding gene 2761    thrA    NC_000913.3 pos 3   0.9259  0.8654  0.9242  NC_000913.3 2761    +   31  1   Methylated  coding gene 2762    thrA    NC_000913.3 neg 3   0.913   0.9636  0.9767  NC_000913.3 2762    -   29  0.9655
Methylated  coding gene 3073    thrB    NC_000913.3 pos 3   0.9677  0.8983  1   NC_000913.3 3073    +   29  1   Methylated  coding gene 3074    thrB    NC_000913.3 neg 3   1   0.9038  0.9778  NC_000913.3 3074    -   31  1



#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
die "Usage: $0 Filename\n" if @ARGV != 1;

my $file = shift;
my $BadPosition = 'No_WT_Concensus';

open my $infh, '<', $file or die "$file: $!";

while (<$infh>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    my ($wt_call, $positive, $negative) = @columns[0, 14, 29];

    if ($wt_call eq $BadPosition) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Methylated\tMethylated\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative <= 0.6) {
        print "Under-methylated\tUnder-methylated\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative <=0.6) {
        print "Hemimethylated (m6A)\tHemimethylated (A)\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Hemimethylated (A)\tHemimethylated (m6A)\n";
    } else {
        print "Missing_Site\tMissing_Site\n";
    }
}



if X >= 0.6
    if Y >= 0.6
        "ABC"
    else
        "DEF"
else
    if Y >= 0.6
        "FED"
    else
        "CBA"



my @x_y = (
    [ 0.1, 0.7 ],
    [ 0.1, 0.1 ],
    [ 0.7, 0.1 ],
    [ 0.7, 0.7 ]
    );

foreach my $x_y ( @x_y ) {
    printf "X: %.1f Y: %.1f --> %s\n", @$x_y, get_value( @$x_y );
    }

sub get_value {
    my( $x, $y ) = @_;

    if( $x >= 0.6 ) { $y >= 0.6 ? 'ABC' : 'DEF' }
    else            { $y >= 0.6 ? 'FED' : 'CBA' }
    }



sub get_value {
    my( $x, $y, $pivot ) = @_;
    $pivot //= 0.6;  # default value

    if( $x >= $pivot ) { $y >= $pivot ? 'ABC' : 'DEF' }
    else               { $y >= $pivot ? 'FED' : 'CBA' }
    }



use v5.22;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ){
    if( $x >= $pivot ) { $y >= $pivot ? 'ABC' : 'DEF' }
    else               { $y >= $pivot ? 'FED' : 'CBA' }
    }



use v5.22;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ){
    my $boolean = ($y >= $pivot);
    if( $x >= $pivot ) { $boolean ? 'ABC' : 'DEF' }
    else               { $boolean ? 'FED' : 'CBA' }
    }



use v5.22;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ){
    my $y_boolean = ($y >= $pivot);
    my $x_boolean = ($x >= $pivot);

    if( $x_boolean ) { $y_boolean ? 'ABC' : 'DEF' }
    else             { $y_boolean ? 'FED' : 'CBA' }
    }



use v5.28;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ) {
    state @table = (
        [ qw(CBA FED) ],
        [ qw(DEF ABC) ]
        );

    my $y_boolean = ($y >= $pivot);
    my $x_boolean = ($x >= $pivot);

    $table[$x_boolean][$y_boolean];
    }



use v5.28;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ){
    state @table = (
        [ qw(CBA FED) ],
        [ qw(DEF ABC) ]
        );
    $table[$x >= $pivot][$y >= $pivot];
    }



use v5.28;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

my @x_y = (
    [ 0.1, 0.7 ],
    [ 0.1, 0.1 ],
    [ 0.7, 0.1 ],
    [ 0.7, 0.7 ]
    );

my $pivot = 0.6;
my @table = ( [ qw(CBA FED) ], [ qw(DEF ABC) ] );

foreach my $x_y ( @x_y ) {
    printf "X: %.1f Y: %.1f --> %s\n", @$x_y,
        get_value( @$x_y, $pivot, \@table );
    }


sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6,
    @table = ([ qw(DEF FED) ], [ qw(ABC CBA) ]) )
    {
    $table[$x >= $pivot][$y >= $pivot];
    }



while (<$infh>) {
    chomp;
    my @columns = split /\t/;
    my ($wt_call, $positive, $negative) = @columns[0, 14, 29];

    if ($wt_call eq $BadPosition) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Methylated\tMethylated\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative <= 0.6) {
        print "Under-methylated\tUnder-methylated\n";
    } elsif ($positive >= 0.6 && $negative <=0.6) {
        print "Hemimethylated (m6A)\tHemimethylated (A)\n";
    } elsif ($positive <= 0.6 && $negative >= 0.6) {
        print "Hemimethylated (A)\tHemimethylated (m6A)\n";
    } else {
        print "Missing_Site\tMissing_Site\n";
    }
}



use v5.28;
use feature qw(signatures);
no warnings qw(experimental::signatures);

while( <$infh> ) {
    chomp;
    my( $wt_call, $positive, $negative ) = (split /\t/)[0,14,29];
    if( $wt_call eq ... ) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
        next;
        }
    say get_value( $positive, $negative );
    }


sub get_value ( $x, $y, $pivot = 0.6 ){
    state @table = (
        [ qw(CBA FED) ],
        [ qw(DEF ABC) ]
        );
    $table[$x >= $pivot][$y >= $pivot];
    }



while( <$infh> ) {
    chomp;
    my( $wt_call, $positive, $negative ) = (split /\t/)[0,14,29];
    if( $wt_call eq ... ) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
        next;
        }
    # what if this is 1?
    unless( 2 == grep { length } ($positive, $negative) ) {
        print "No_WT_Concensus\tNo_WT_Concensus\n";
        next;
        }
    say get_value( $positive, $negative );
    }