Perl 嵌套循环比较两个文件时，外部循环在一次迭代后停止，需要比较每一行文件

首先，如果我在这里的格式不正确，我表示歉意，我对写脚本非常陌生（3天），这是我在这个网站上的第一篇帖子

我有两个分开的文件，

filea

包含14列，

fileb

包含8列

文件b

中的一列有一个数值，该数值与

文件a

中两个数值字段生成的一系列数字相关。 对于

文件a

中的每一行，我需要搜索

文件b

，并打印两个文件上字段的数据组合。由于接受了一个数字范围，文件a的每一行都将有多个匹配项

我创建的代码完全符合我的要求，但只针对

文件a

的第一行，不会继续循环。我浏览了整个互联网，我相信这可能与两个文件都是从标准输入读取的事实有关。我试图纠正这个问题，但似乎什么都没用

我目前的理解是，通过将一个文件更改为从不同的文件描述符读取，我的循环可能会工作。。。比如说，

$3

，但尽管我做了研究，我还是不太明白这一点。或者可能使用我也在努力使用的

grep

功能

下面是我现在使用的代码的概要：

use strict;  
use warnings;

print "which file read from?\n";
my $filea = <STDIN>;  
chomp $filea;  
{
  unless (open ( FILEA, $filea) {
      print "cannot open, do you want to try again? y/n?\n?";  
      my $attempt = <STDIN>;  
      chomp $again;  
      if ($again =~ 'n') {
          exit;  
      } else {
          print "\n";   
          $filea = <STDIN>;  
          chomp $filea;  
          redo;  
      }
   }
}

#I also open fileb the same way, but wont write it all out to save space and your time.

my output = 'output.txt';  
open (OUTPUT, ">>$output");    

while (my $loop1 = <FILEA>) {  
    chomp $loop1;
    ( my $var1, my $var2, my $var3, my $var4, my $var5, my $var6, 
      my $var7, my $var8, my $var9, my $var10, my $var11, my $var12, 
      my $var13, my $var14 ) = split ( "\t", $loop1);

  #create the range of number which needs to be matched from file b.
  my $length = length ($var4);  
  my $range = ($var2 + $length);

  #perform the search loop through fileb
  while (my $loop2 = <FILEB>) {
      chomp $loop2;
    ( my $vala, my $valb, my $valc, my $vald, my $vale, my $valf, 
      my $valg) = split ( "\t", $loop2 );

    #there are then several functions and additions of the data, which all work basicly so I'll just use a quick example.

    if ($vald >= $val3 $$ $vald <= $range) {
        print OUTPUT "$val1, $vald, $val11, $valf, $vala, $val5 \n";
    }
  }
}

使用严格；
使用警告；
打印“从哪个文件读取？\n”；
我的$filea=；
咀嚼$filea；
{
除非（打开（FILEA，$FILEA）{
打印“无法打开，是否重试？是/否？\n？”；
我的$尝试=；
再次咀嚼美元；
如果（$再次=~'n'）{
出口
}否则{
打印“\n”；
$filea=；
咀嚼$filea；
重做；
}
}
}
#我也以同样的方式打开fileb，但不会为了节省空间和时间而全部写出来。
我的输出='output.txt'；
打开（输出“>>$OUTPUT”）；
而（我的$loop1=）{
chomp$loop1；
（我的$var1，我的$var2，我的$var3，我的$var4，我的$var5，我的$var6，
我的$var7，我的$var8，我的$var9，我的$var10，我的$var11，我的$var12，
my$var13，my$var14）=拆分（“\t”，$loop1）；
#从文件b中创建需要匹配的数字范围。
my$length=长度（$var4）；
我的$range=（$var2+$length）；
#通过fileb执行搜索循环
而（我的$loop2=）{
chomp$loop2；
（我的$vala，我的$valb，我的$valc，我的$vald，我的$vale，我的$valf，
my$valg）=拆分（“\t”，$loop2）；
#然后有几个函数和数据的添加，它们基本上都可以工作，所以我将使用一个简单的示例。
如果（$vald>=$val3$$$vald
尽可能避免裸句柄；使用$fh（filehandle）代替fh

您可以使用直到而不是除非，并跳过重做：

print "Enter the file name\n";
my $file_a = <STDIN>;
chomp $file_a;
my $fh_a;
until(open $fh_a, '<', $file_a) {
    print "Re-enter the file name or 'n' to cancel\n";
    $file_a = <STDIN>;
    chomp $file_a;
    if($file_a eq 'n') {
        exit;
    }
}


等是否实际在反勾中，或者这只是格式化的产物（如果是，请编辑您的问题以删除它们）？您是否已经了解其他编程语言？您从哪些资源（哪些教程等）学习？无论如何，您的关键错误实际上很常见：当您到达
FILEA
的第二行时，您已经用尽了
FILEB
句柄。因此，我们需要将文件句柄重置为开头，或者在循环中重新打开文件，或者将整个文件读取到内存中。其他人可以编写该答案。提示：
（my$x，my$y，my$z）
可以写成
my（$x，$y，$z）
。提示：
my（$var1，$var2，$var3，$varn）
最好写成
my@var
，然后称为
$var[0]，$var[1]，…$var[$n]
.Thr backticks只是格式化工件，我编辑了问题以删除它们。我根本不懂任何编程语言，我决定在我的学位期末考试中第一次尝试编程。我从几本书中学习过，比如《生物信息学的perl入门》和《出现问题时的谷歌搜索》。谢谢对于这个答案，我有这么多的提示，我现在已经设法让一切工作，这是非常棒的！我也更了解我造成的整个问题，这正是我所需要的。我知道代码将需要优化，一旦我变得更加熟练，我可能会再次解决这个问题。
#Assume we have opened both files already . . .
my @file_b = <$fh_b>;
chomp @file_b;
while(my $line = <$fh_a>) {
    chomp $line;
    my @cols_a = split /\t/, $line;
    #Remember, most arrays (perl included) are zero-indexed,
    #so $cols_a[1] is actually the SECOND column.
    my $range = ($cols_a[1] + length $cols_a[3]);

    foreach my $line_b (@file_b) {
        #This loop will run once for every single line of file A.
        #Not efficient, but it will work.
        #There are, of course, lots of optimisations you can make
        #(starting with, for example, storing file B as an array of array
        #references so you don't have to split each line every time)
        my @cols_b = split /\t/, $line_b;
        if($cols_b[3] > $cols_a[2] && $cols_b[3] < ($cols_a[2] + $range)) {
            #Do whatever here
        }
    }
}