Python 3.x scipy t测试中的值错误\u ind

我有以下csv文件：

SRA ID  ERR169499            ERR169498           ERR169497
Label   1                    0                   1
TaxID   PRJEB3251_ERR169499  PRJEB3251_ERR169499 PRJEB3251_ERR169499
333046  0.05                 0.99                99.61
1049    0.03                 2.34                34.33
337090  0.01                 9.78                23.22
99007   22.33                2.90                0.00

对于标签为

0

的案例，我有92列；对于标签为

1

的控件，我有95列。到目前为止，我必须进行两次样本独立T检验和ranksum检验：

df  = pd.read_csv('final_out_transposed.csv', header=[1,2], index_col=[0])
case = df.xs('0', axis=1, level=0).dropna()
ctrl = df.xs('1', axis=1, level=0).dropna()
(tt_val, p_ttest) = ttest_ind(case, ctrl, equal_var=False)

我得到的错误是：

ValueError:操作数无法与形状（92、）（95、）

一起广播

回溯是：

File "<ipython-input-152-d58634e75106>", line 1, in <module>
runfile('C:/IBD Bioproject/New folder/temp_3251.py', wdir='C:/IBD 
Bioproject/New folder')

File "C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py", line 880, in runfile
execfile(filename, namespace)

File "C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py", line 102, in execfile
exec(compile(f.read(), filename, 'exec'), namespace)

File "C:/IBD Bioproject/New folder/temp_3251.py", line 106, in <module>
tt_val, p_ttest = ttest_ind(case, ctrl, equal_var=False)

File "C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\scipy\stats\stats.py", line 4068, in ttest_ind
df, denom = _unequal_var_ttest_denom(v1, n1, v2, n2)


File "C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\scipy\stats\stats.py", line 3872, in _unequal_var_ttest_denom
df = (vn1 + vn2)**2 / (vn1**2 / (n1 - 1) + vn2**2 / (n2 - 1))

ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (92,) (95,)

文件“”，第1行，在
运行文件（'C:/IBD Bioproject/New folder/temp_3251.py'，wdir='C:/IBD
生物项目/新文件夹“）
文件“C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
运行文件中的packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py”，第880行
execfile（文件名、命名空间）
文件“C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\spyder\utils\site\sitecustomize.py”，第102行，在execfile中
exec（编译（f.read（），文件名，'exec'），命名空间）
文件“C:/IBD Bioproject/New folder/temp_3251.py”，第106行，在
tt_val，p_ttest=ttest_ind（大小写，ctrl，相等值=False）
文件“C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\scipy\stats\stats.py”，第4068行，在ttest\u ind中
df，denom=\u不相等\u变量\u t测试denom（v1，n1，v2，n2）
文件“C:\Users\ksingh1\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-
packages\scipy\stats\stats.py”，第3872行，在
df=（vn1+vn2）**2/（vn1**2/（n1-1）+vn2**2/（n2-1））
ValueError:操作数无法与形状（92，）（95，）一起广播

我读的很少，但仍然不清楚，我也读了

---

提前感谢

显然，熊猫数据帧的

xs

方法创建的对象看起来像二维数组。当传递到

ttest\u ind

时，必须将其展平，使其看起来像一维数组

试试这个：

ttest_ind(case.values.ravel(), ctrl.values.ravel(), equal_var=False)

---

熊猫对象的

values

属性给出了一个numpy数组，而

ravel（）

方法将数组展平为一维。

它的效果非常好。非常感谢，很久以来我一直在做这件事。嗨，代码工作得很好，但是我无法得到每一行的结果。我尝试了

df.iterrows

，但没有成功。如何获得每行病例和对照的ttest结果？我一直在努力，但似乎没有得到正确的答案。感谢您将您的

大小写

和

ctrl

对象转换为普通的二维numpy数组（分别具有形状

（n，92）

和

（n，95）

）？然后你可以使用

ttest\u ind（case，ctrl，axis=1，equal\u var=False）

。我不知道这对我来说是否可行，因为我有一个csv文件，有多个列标记为

0

和

1

。我为它做了

case=df.xs（'0'，axis=1，level=0）。dropna（）

ctrl=df.xs（'1'，axis=1，level=0）。dropna（）。还有其他方法吗？