Python 3.x 使用qsub中的.e和.o文件作为snakemake中每个规则的日志

在snakemake工作流中，我试图将

qsub

生成的

.e

和

.o

文件重定向到每个规则的

log

指令。下面是我拥有的一个规则示例，包括

log

指令。为了清楚起见，此规则生成（临时）输出

[snakemakeWorkDir]/{sample}/aligned/{sample}.bam

，而我也希望获得这些文件

[snakemakeWorkDir]/{sample}/aligned/log/{wildcards.sample}.{rule}.{jobid}.e[0-9]+

和

[snakemakeWorkDir]/{sample}/aligned/log/{wildcards.sample}.{rule}.{jobid}.o[0-9]+

产生

rule bwa_map: 
    input:
        R1 = FQDIR + "{sample}_R1_001.fastq.gz",
        R2 = FQDIR + "{sample}_R2_001.fastq.gz",
        REF = config['ref']    
    output:
        # wrap output in temp
        temp("{sample}/aligned/{sample}.bam")
    conda:
        "envs/NIPTlibPrep.yaml"
    log:
        directory("{sample}/aligned/log")
    shell:
        "mkdir -p {log} | bwa mem {input.REF} {input.R1} {input.R2} "
        "| samtools view -Sb - > {output}"

我用于将snakemake作业提交到集群的命令是：

snakemake -p -s Snakefile_v5_ngs_bngs05b --cluster "qsub -q onlybngs05b -e {log} -o {
log}" -j 5 --use-conda --jobname "{wildcards.sample}.{rule}.{jobid}"

当我使用上面的命令调用snakemake时，我的作业在队列上获得状态

Eqw

，并显示以下错误消息

 04/10/2020 10:37:30 [2003:28804]: error: can't open output file "/home/ngs/NIPT-PearlPPlasma-03-PPx_S3downSample/fastQC/log": No such file or directory

尽管

shell

指令的第一个命令是创建

log

目录（我第一次尝试时没有使用

mkdir-p

命令，但得到了相同的错误。）

---

另一种选择是完全忽略这些文件的生成，并使用“经典”的蛇形方法生成日志文件（例如，使用

2>

管道）

我认为问题是在规则代码运行之前打开了日志文件。在运行snakemake之前，您需要创建日志输出目录。我模糊地记得SnaMeMak删除日志文件（写入自己的副本）并导致调度器问题，但目前找不到详细信息。是的，我确实认为这是一种选择，但我想确保我在代码中没有丢失任何东西。