如何在Rpy-python中应用库VCD的R函数Assocstats

我正在尝试使用python的Rpy模块计算统计参数phi系数、Cramer V和接触系数。在R中，我能够做到这一点，但在python中复制相同内容的尝试中，我束手无策

Library(vcd)
data <- read.csv("test.csv")
assocstats(table(data$var_4, data$target)

Output     
                X^2 df P(> X^2)
Likelihood Ratio 113.28  1        0
Pearson          112.51  1        0

Phi-Coefficient   : 0.15 
Contingency Coeff.: 0.148 
Cramer's V        : 0.15 

from Rpy import r
# Already connected with mysql
q="Select var_4 , target from test"
cur.execute(q)
data=cur.fetchall()
ls1=[]
ls2=[]
for i in range(len(data)):
  ls1.append(data[i][0])
  ls2.append(data[i][1])
rpy.r.library("vcd")
rpy.r.assocstats(rpy.r.table(ls1,ls2))

错误：

Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#14>", line 1, in <module>
rpy.r.assocstats(rpy.r.table(ls1,ls2))
RPy_RException: Error in sort.list(y) : 'x' must be atomic for 'sort.list'
Have you called 'sort' on a list?

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
rpy.r.assocstats（rpy.r.table（ls1，ls2））
RPy_RException:sort.list（y）中出错：'x'必须是'sort.list'的原子
你在名单上打过“排序”吗？

我尝试的另一种方法是从scipy模块计算phi sq，然后使用数学公式计算cramer的v等。但我打算在我的项目中大量使用Rpy。我非常感谢您能在上述方法中指出问题。我想我无法在公式中以正确的格式传递输入

---

提前感谢

从错误中我们可以看到，

排序

函数在

列表

输入方面存在问题。测试此案例以获取示例列表

templist<-list(c(3,2,1))
> sort(templist)
Error in sort.int(x, na.last = na.last, decreasing = decreasing, ...) : 
  'x' must be atomic

newlist<-unlist(templist)
>is.atomic(newlist)
[1] TRUE

> sort(newlist)
[1] 1 2 3

templast排序（templast）
sort.int（x，na.last=na.last，递减=递减，…）中出错：
“x”必须是原子的
原子（newlist）
[1] 真的
>排序（新列表）
[1] 1 2 3

这里的键是

unlist

，您可以使用

rpy.r.is.list

确认您的输入

ls1

和

ls2

是否是

list

。要取消列出它们，需要在

ls1

和

ls2

上调用

rpy.r.unlist

要能够使用函数名中带有

的函数，例如

is.list（）

，您可以参考（）

---

我没有rpy，因此无法确认，但我认为这应该有效，让我们知道。

您是否真的在使用标签中所述的

rpy2

？在我看来是

rpy

。无论如何，我强烈建议您迁移到

rpy2

，如果您还没有这样做的话

看起来您的

ls1

ls2

只是数字列表，问题应该很简单：

In [60]:
#setting up
import rpy2.robjects as ro
mydata = ro.r['data.frame']
table = ro.r['table']
assocstats = ro.r['assocstats']
summary = ro.r['summary']
ro.r['library']('vcd')
ls1=np.random.random(50)
ls2=np.random.random(50)
result=assocstats(table(ls1, ls2))

In [61]:
#what is in the result
print result.names
[1] "table"       "chisq_tests" "phi"         "contingency" "cramer"     

In [62]:
#access the chi-sqaure table
print result.rx('chisq_tests')
$chisq_tests
                       X^2   df  P(> X^2)
Likelihood Ratio  391.2023 2401 1.0000000
Pearson          2450.0000 2401 0.2382456

---

谢谢。现在我面临一个新的错误。我正在努力解决这个问题。我会让你知道事情的进展。错误：回溯（最近一次调用上次）：文件“”，第1行，在r.assocstats（r.table（newls1，newls2））rpyrexception：函数（x）中的错误：函数仅为双向表定义。这正是我想要的。让我安装rpy2并进行测试。如果我遇到任何麻烦，我会让你知道的。多谢你的努力。我唯一需要更改的是取消列出python中的列表。