Python 是否可以将pandas对象与rpy2一起使用？

我想将熊猫与R结合使用，所以我做到了：

import pandas as pd
import rpy2.robjects as robjects

>>> df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]},index=["one", "two"])
>>> robjects.r.cor(df.A, df.B)
    ValueError: Nothing can be done for the type <class 'pandas.core.series.Series'> at the moment.

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但是如何使用

rdf

？例如，

rdf['A']

给我一个

TypeError

为什么不使用pandas

import pandas as pd
from scipy import stats

df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]})
df.corr('pearson')
=> A  B
A  1  1
B  1  1
stats.f_oneway(df['A'], df['B'])
=> (13.5, 0.021311641128756723)

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我知道这并不能准确回答您的问题，但有时遇到这样的问题表明您没有按照预期使用这些工具。

最初支持无缝使用pandas和R/rpy

您需要执行以下操作：

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

文档有点落后，支持也不完整，但有一个小例子可以说明这一点：

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因为我最终将使用更复杂的统计测试（如ANOVAs），而据我所知，这些测试目前还没有在熊猫身上实施。提供的示例只是为了简单起见，我使用scipy添加了一个方差分析。在R中可以做的事情很少是python中做不到的。我对rpy的理解是，它用于在python中运行R模块，而不是在python解释器中编写R代码。请随便证明我错了！这正是我的理解。@mattexx虽然说在R中你能做的事情很少，但在Python中是不可能实现的（因为Python是一种编程语言），但它忽略了一个重要的问题：你需要付出多少努力才能达到同样的结果。此时，R可能只是拥有最全面的统计工具库。@mattexx（续）。关于rpy（2），它向Python公开了所有R。这样就可以在R中运行函数，还可以用R代码解析和计算字符串。推进到这一步，iPython中出现了诱人的“rmagic”（使用它可以在Python交互会话中编写R代码）。@HappyPy您可以在statsmodels包中找到ANOVA。有一个扩展的例子，这是烹饪书的一个很好的例子：；另外，在文档的R部分有一个链接也不错！

from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()