使用带模块加载的python子流程

我目前正在unix环境中使用Python 2.7。 我需要在python脚本中运行R脚本，但我无法使其正常工作，因为我的R模块需要在之前加载（使用“模块加载”）

下面是我的python脚本：

import os
import subprocess as sp

os.system('module load R/3.2.3')
out = sp.check_output(['Rscript','test.R'], universal_newlines=True)

我一直有相同的错误：“[Errno 2]没有这样的文件或目录”

有什么想法吗？ 我看了看，但没能让它工作

谢谢你的帮助

所以“模块加载”实际上是在调用shell中设置一些环境变量。所以当你这样做的时候：

os.system('module load R/3.2.3')

sp.check_output(['Rscript','test.R'])

Python创建一个进程，在其中运行

/bin/sh

，并将该命令传递给shell。模块环境变量在该shell中设置。然后那个炮弹就出来了——任务完成了

环境变量不会——也不能——传播回Python进程。所以当你这样做的时候：

os.system('module load R/3.2.3')

sp.check_output(['Rscript','test.R'])

之前运行

模块加载

是完全不相关的

那么你怎么能解决这个问题呢？一种可能是显式指定Rscript的路径：

sp.check_output(['/your/full/path/to/Rscript','test.R'])

另一种方法是组合您的命令：

sp.check_output('module load R/3.2.3 && Rscript test.R', shell=True)

最后，您只需在运行Python脚本之前运行

模块加载

。它设置的环境变量可以一直传播到Python中的R调用

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顺便说一句，可以直接从Python调用R:

Post整个堆栈跟踪。还要注意脚本的位置，包括python和R脚本，为了方便起见，您可以将它们都放在同一个目录中？