在Python中用两个dna fasta文件制作散点图
我目前正在尝试从两个fasta dna文件创建一个图表。 不幸的是,我还不太熟悉python,这就是为什么我可能会在这里失败,并希望您的帮助 我将Pyton 3.8与Biopython、Matplotlib和numpy一起使用 我试着把dna数据转换成数字,这样我就能画出来了。 同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印它 当我把dna转换成一个能理解情节的数字时,我不能再进一步了,或者有其他方法吗 到目前为止,这是我的代码在Python中用两个dna fasta文件制作散点图,python,numpy,matplotlib,plot,biopython,Python,Numpy,Matplotlib,Plot,Biopython,我目前正在尝试从两个fasta dna文件创建一个图表。 不幸的是,我还不太熟悉python,这就是为什么我可能会在这里失败,并希望您的帮助 我将Pyton 3.8与Biopython、Matplotlib和numpy一起使用 我试着把dna数据转换成数字,这样我就能画出来了。 同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印它 当我把dna转换成一个能理解情节的数字时,我不能再进一步了,或者有其他方法吗 到目前为止,这是我的代码 from Bio import pairwise2 fro
from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment
from test3 import seq1 as fasta1 #seq1 unzipped fasta file
from test3 import seq2 as fasta2 #seq2
from matplotlib import pyplot as plt
import numpy
alignment = pairwise2.align.globalxx(fasta1, fasta2)
print(alignment)
print(format_alignment(*alignment[0]))
plt.scatter(alignment,'skitscat', 'k')
plt.xlabel('fasta1')
plt.ylabel('fasta2')
plt.title('Eins Diagram')
plt.legend()
plt.plot(alignment[0])
plt.show()
在预览中,您可以看到它应该是如何完成的
感谢您的帮助您好,欢迎来到StackOverflow。为了帮助他人回答您的问题,请描述您迄今为止所做的尝试,代码中哪些有效,哪些无效,并就您发现的问题提出具体问题。我正在尝试将dna数据转换为数字,以便绘制它们。同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印。我们可以使用输入文件来测试代码吗?