在Python中用两个dna fasta文件制作散点图

在Python中用两个dna fasta文件制作散点图,python,numpy,matplotlib,plot,biopython,Python,Numpy,Matplotlib,Plot,Biopython,我目前正在尝试从两个fasta dna文件创建一个图表。 不幸的是,我还不太熟悉python,这就是为什么我可能会在这里失败,并希望您的帮助 我将Pyton 3.8与Biopython、Matplotlib和numpy一起使用 我试着把dna数据转换成数字,这样我就能画出来了。 同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印它 当我把dna转换成一个能理解情节的数字时,我不能再进一步了,或者有其他方法吗 到目前为止,这是我的代码 from Bio import pairwise2 fro

我目前正在尝试从两个fasta dna文件创建一个图表。 不幸的是,我还不太熟悉python,这就是为什么我可能会在这里失败,并希望您的帮助 我将Pyton 3.8与Biopython、Matplotlib和numpy一起使用

我试着把dna数据转换成数字,这样我就能画出来了。 同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印它

当我把dna转换成一个能理解情节的数字时,我不能再进一步了,或者有其他方法吗

到目前为止,这是我的代码

from Bio import pairwise2  
from Bio.pairwise2 import format_alignment
from test3 import seq1 as fasta1 #seq1 unzipped fasta file
from test3 import seq2 as fasta2 #seq2 
from matplotlib import pyplot as plt
import numpy


alignment = pairwise2.align.globalxx(fasta1, fasta2)
print(alignment)
print(format_alignment(*alignment[0]))


plt.scatter(alignment,'skitscat', 'k')
plt.xlabel('fasta1')
plt.ylabel('fasta2')
plt.title('Eins Diagram')
plt.legend()
plt.plot(alignment[0])
plt.show()
在预览中,您可以看到它应该是如何完成的


感谢您的帮助

您好,欢迎来到StackOverflow。为了帮助他人回答您的问题,请描述您迄今为止所做的尝试,代码中哪些有效,哪些无效,并就您发现的问题提出具体问题。我正在尝试将dna数据转换为数字,以便绘制它们。同时,我可以读取代码中的fasta文件,但不能打印。我们可以使用输入文件来测试代码吗?