如何使用python在目录中分配键和值

我想把Illumina对末端读数与参考基因组进行比对。我有一个目录，其中我只需要使用以paired_R1.fastq.gz和paired_R2.fastq.gz结尾的文件进行成对读取

我正在创建一个脚本，其中成对的_R1是键，成对的_R2是值；但是，我在for循环中分配键和值时遇到困难。我知道file1和file2没有定义，但我不知道如何将“endswith”的输出分别设置为键和值

if __name__ == '__main__':
    path = os.getcwd()
    dir_files = os.listdir(path)
    pair_reads = {}
    for file in dir_files:
        if file.endswith("_paired_R1.fastq.gz"):
            file = file1
            if file.endswith("_paired_R2.fastq.gz"):
                file = file2
                pair_reads[file1] = file2
    print(pair_reads)

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提前谢谢你

我明白你的逻辑。只有几个问题：

• file=file1

  ，应该是

  file1=file

  （与file2相同）
• 这两个条件语句相互矛盾，因此它们应该位于同一缩进处，否则将永远不会执行其中一个

• dir\u文件

  需要对要关联的正确文件进行排序，因此

  sorted（dir\u文件）

  确保了这一点

如果名称=main:
path=os.getcwd（）
dir\u files=os.listdir（路径）
配对读取={}
对于已排序的文件（目录文件）：
如果file.endswith（“\u paired\u R1.fastq.gz”）：
file1=文件
如果file.endswith（“\u paired\u R2.fastq.gz”）：
file2=文件
配对读取[file1]=file2
打印（成对读取）

只要目录结构满足每次读取都有一个

R1

和一个

R2

文件，就可以正常工作

编辑：另一种方式，使用列表理解：

如果名称=main:
path=os.getcwd（）
dir_files=sorted（os.listdir（path））
R1s=[f表示dir\u文件中的f，如果f.endswith（“\u paired\u R1.fastq.gz”）]
R2s=[f表示dir\u文件中的f，如果f.endswith（“\u paired\u R2.fastq.gz”）]
配对读取=dict（zip（R1s，R2s））
打印（成对读取）

您能否提供一些示例数据，即文件名列表，然后是输入文件名时的预期输出？您能否给出一些文件名的示例，以及您希望它们如何配对？感谢您尝试帮助我，但代码工作得很好，这要感谢下面的注释Seb。