Python 如何从熊猫数据帧计数矩阵创建AnnData对象？

我试图使用Scanpy Python包来分析一些单单元格数据。我在中读取了一个计数矩阵（一个.tsv文件）作为数据帧，其中基因作为列，行作为不同的单元。每行包含单个细胞中不同基因的计数。我想从熊猫数据框创建一个AnnData对象。。。有人知道我怎么做吗？很遗憾，我无法提供数据集。

您可以通过以下方式将数据帧

df

转换为AnnData

adata

：

adata = anndata.AnnData(X: df.iloc[1:,1:],
                        obs: df.iloc[:,0:1],
                        var: df.iloc[0:1,:])

但你真的不需要这么做。而是直接将tsv文件读入AnnData对象：

with open("your_tsv_file.tsv") as your_data:
    adata = anndata.read_csv(your_data, delimiter='\t')