Python Pandas和matplotlib创建热图

这是我使用anaconda、python3.5、pandas和matplotlib创建热图的代码。我使用的mac电脑有8GB的空间。输入数据采用excel格式，如下所示：

Molecules   cell line 1 cell line 2 cell line 3 cell line 4 cell line 5 cell line 6 cell line 7 cell line 8 cell line 10    cell line 11    cell line 12    cell line 13    cell line 14
molecule BRCA1  3   3   2   2   2   2   2   2   1   3   2   4   2
molecule BRCA2  2   4   1   1   1   1   1   1   1   1   2   1   2
molecule BRCA3  2   4   1   1   2   1   3   1   1   1   1   1   2
molecule BRCA4  2   4   1   1   1   1   2   1   1   1   1   1   2
molecule BRCA5  2   4   1   1   1   1   2   1   1   1   1   1   2
molecule BRCA6  2   4   1   1   1   1   2   1   1   1   1   1   2
.
.
.

代码Demo.py如下所示：

import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import colors
import pandas as pd


Data = pd.read_excel("Demo.xlsx") #open excel file
data_value = Data.iloc[:,1:] # slice the data frame to remove first column
print(data_value) #print data frame


#high >2 fold = 1 = white = w
#low< 2 fold = 2 = green = g
#stable= 3 = blue = b
#unknown= 4 = red = r
cmapr = colors.ListedColormap(['w','g','b','r']) #set the color map to be used
cmap = plt.get_cmap(cmapr)


#create dendrograms
# -- include data frame
# -- include color map
# -- figure size IMP: Adjust as the data frame size
# -- remove the ticks from top left legend

cm = sns.clustermap(data_value,cmap = cmap, figsize=(100,120),cbar_kws={'format': '%s', 'ticks': []})

actual = Data.iloc[:,0]
final = []
lis = []
for t in cm.ax_heatmap.get_yticklabels():
    lis.append(str(t).split("'")[1])

for i in range(0,len(lis)):
    final.append(actual[int(lis[i])-1])
    print(actual[int(lis[i])-1])
#print(final)



# get the heat map to fix positions IMP: Adjust as the data frame output
hm = cm.ax_heatmap.get_position()

#fix the labels, adjust fontsize and rotation(read-ability)
plt.setp(cm.ax_heatmap.yaxis.get_majorticklabels(), fontsize=8, rotation = 0)
plt.setp(cm.ax_heatmap.xaxis.get_majorticklabels(), fontsize=15, rotation = 0)

#fix the heatmap size manually.
cm.ax_heatmap.set_position([hm.x0, hm.y0, hm.width*0.25, hm.height])

#get dendograph position and fix it(enlarge it)
# -- For column
col = cm.ax_col_dendrogram.get_position()
cm.ax_col_dendrogram.set_position([col.x0, col.y0, col.width*0.25, col.height*0.7]) #col.width*.25
# -- For row
row = cm.ax_row_dendrogram.get_position()
cm.ax_row_dendrogram.set_position([row.x0, row.y0, row.width*1.1, row.height]) #row.width*4

#set the label for xaxis
cm.ax_heatmap.set_xlabel("Cells",fontsize=15) 

#set the label for yaxis
cm.ax_heatmap.set_ylabel("Molecules",fontsize=15)
#cm.ax_heatmap.set_yticklabels(Data.iloc[:,0])
cm.ax_heatmap.set_yticklabels(final)

# -- dpi is for resolution
cm.savefig('Demo_final.pdf', dpi = 2000)


#cm.fig

将numpy导入为np
导入seaborn作为sns
将matplotlib.pyplot作为plt导入
从matplotlib导入颜色
作为pd进口熊猫
Data=pd.read_excel（“Demo.xlsx”）#打开excel文件
data_value=data.iloc[：，1:]#对数据帧进行切片以删除第一列
打印（数据_值）#打印数据框
#高>2倍=1=白色=w
#低<2倍=2=绿色=克
#稳定=3=蓝色=b
#未知=4=红色=r
cmapr=colors.ListedColormap（['w'、'g'、'b'、'r']）#设置要使用的颜色映射
cmap=plt.get\u cmap（cmapr）
#创建树状图
#--包含数据帧
#--包括彩色地图
#--图形大小IMP：根据数据帧大小进行调整
#--从左上角图例中删除记号
cm=sns.clustermap（数据值，cmap=cmap，figsize=（100120），cbar\u-kws={'format'：'%s'，'ticks'：[]}）
实际值=数据.iloc[：，0]
最终=[]
lis=[]
对于厘米中的t.ax\u热图。获取\u yticklabels（）：
lis.append（str（t）.split（“”）[1]）
对于范围（0，len（lis））中的i：
final.append（实际[int（lis[i]）-1]）
打印（实际[int（lis[i]）-1]）
#打印（最终版）
#获取热图以固定位置IMP：调整为数据帧输出
hm=cm.ax\u热图。获取位置（）
#固定标签，调整字体大小和旋转（阅读能力）
plt.setp（cm.ax\u heatmap.yaxis.get\u majorticklabels（），fontsize=8，rotation=0）
plt.setp（cm.ax_heatmap.xaxis.get_majorticklabels（），fontsize=15，rotation=0）
#手动修复热图大小。
厘米最大热图设置位置（[hm.x0，hm.y0，hm.width*0.25，hm.height]）
#获取dendograph位置并将其固定（放大）
#--对于列
col=cm.ax\u col\u树状图。获取位置（）
cm.ax\u柱树状图设置位置（[col.x0，col.y0，col.width*0.25，col.height*0.7]）\col.width*.25
#--划船
row=cm.ax\u row\u树状图。获取位置（）
cm.ax_行树状图。设置_位置（[row.x0，row.y0，row.width*1.1，row.height]）#行宽*4
#为xaxis设置标签
cm.ax\u热图集\u xlabel（“单元格”，fontsize=15）
#设置yaxis的标签
cm.ax\u热图。设置\u ylabel（“分子”，fontsize=15）
#cm.ax\u heatmap.set\u yticklabels（Data.iloc[：，0]）
cm.ax\u热图。设置\u标签（最终）
#--新闻部是为了解决问题
cm.savefig（'Demo_final.pdf'，dpi=2000）
#无花果

输出如下：

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ww/PycharmProjects/Demo.py", line 65, in <module>
    final.append(actual[int(lis[i])-1])
  File "/Users/ww/anaconda/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/series.py", line 601, in __getitem__
    result = self.index.get_value(self, key)
  File "/Users/ww/anaconda/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 2428, in get_value
    tz=getattr(series.dtype, 'tz', None))
  File "pandas/_libs/index.pyx", line 98, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_value (pandas/_libs/index.c:4363)
  File "pandas/_libs/index.pyx", line 106, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_value (pandas/_libs/index.c:4046)
  File "pandas/_libs/index.pyx", line 154, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc (pandas/_libs/index.c:5085)
  File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 756, in pandas._libs.hashtable.Int64HashTable.get_item (pandas/_libs/hashtable.c:13913)
  File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 762, in pandas._libs.hashtable.Int64HashTable.get_item (pandas/_libs/hashtable.c:13857)
KeyError: -1

Process finished with exit code 1

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/Users/ww/PycharmProjects/Demo.py”，第65行，在
final.append（实际[int（lis[i]）-1]）
文件“/Users/ww/anaconda/lib/python3.6/site packages/pandas/core/series.py”，第601行，在__
结果=self.index.get_值（self，key）
文件“/Users/ww/anaconda/lib/python3.6/site packages/pandas/core/index/base.py”，第2428行，在get_值中
tz=getattr（series.dtype，'tz'，无））
文件“pandas/_libs/index.pyx”，第98行，在pandas._libs.index.IndexEngine.get_值中（pandas/_libs/index.c:4363）
文件“pandas/_libs/index.pyx”，第106行，在pandas._libs.index.IndexEngine.get_值中（pandas/_libs/index.c:4046）
文件“pandas/_libs/index.pyx”，第154行，在pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc中（pandas/_libs/index.c:5085）
文件“pandas/_libs/hashtable\u class\u helper.pxi”，第756行，在pandas.\u libs.hashtable.Int64HashTable.get\u项中（pandas/_libs/hashtable.c:13913）
文件“pandas/_libs/hashtable\u class\u helper.pxi”，第762行，在pandas.\u libs.hashtable.Int64HashTable.get\u项中（pandas/_libs/hashtable.c:13857）
键错误：-1
进程已完成，退出代码为1

请清楚地描述您期望的

最终。追加（实际[int（lis[i]）-1]）

操作。由于

actual

是一个数据帧，您可能需要以不同的方式访问其值；但是为了帮助您，您需要知道该代码行的用途。请清楚地描述您希望

final.append（实际[int（lis[i]）-1]）

做什么。由于

actual

是一个数据帧，您可能需要以不同的方式访问其值；但是为了帮助您，您需要知道该代码行的用途。