Python 访问下标中的snakemake变量

我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容：

蛇形文件 规则测试： 输入： “input.file” 输出： “输出文件” 脚本： “test_script.py” ###script.py 从测试下标导入运行测试 如果名称=“\uuuuu main\uuuuuuuu”： input_file=snakemake.input[0] 运行测试（） ###下标.py def run_测试（）： out\u file=snakemake.output[0] 打开（输出文件“w”）作为f： f、 写入（“测试”） 现在，当我执行工作流时，可以从

script.py

中访问

snakemake.input

变量，但我无法访问

subscript.py

中的

snakemake.output

变量。解决方法是将所有必需的snakemake变量传递给

run\u test（）

函数，但这很快就会变得复杂

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有更方便的方法吗？

方便的方法是使脚本不可知于Snakemake。这些脚本应该从任何shell调用。在这种情况下，您需要提供文件名作为命令行参数：

### Snakefile
rule test:
    input:
        "input.file"
    output:
        "output.file"
    shell:
        "test_script.py {input} {output}"

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谢谢你的回答！但是，我希望可以避免将所有内容传递到整个层次结构中，特别是在设置几个snakemake

参数时。