Python 如何排除故障，了解多维缩放永远运行

编辑 第64行中的数据似乎不一定有问题。相反，数字64本身是神奇的，并导致了问题。在继续解决该问题时，我编写了一个脚本，随机从数据帧中获取63个连续行并绘制它们。它每次都跑得很快。但如果我将其更改为64行，它将永远无法工作和运行。 结束编辑

我正在尝试使用多维缩放来可视化集群中的数据。我创建了一个DataFrame，它的维度为1000行和1964列。当我尝试对数据执行多维缩放时，该过程将永远运行。奇怪的是，我似乎无法通过按ctrl+c来结束这个过程

通过反复试验，我发现了数据集第64行的神奇之处。如果我在63行上运行该进程，整个过程将在几秒钟内完成。但是，如果我将其增加到64行，它将永远不会结束

我真的不知道该怎么解决这个问题。我浏览了1964年的专栏，寻找第63行和第64行之间的差异，希望找到一个奇怪的值或其他东西，但什么也没有跳出来。有没有其他办法让我明白为什么64行如此神奇

import pandas as pd
from pandas import DataFrame as df
from sklearn.metrics.pairwise import euclidean_distances
from sklearn.metrics.pairwise import manhattan_distances
from sklearn import manifold
from matplotlib import pyplot as plt
import prettyplotlib as ppl

malware_df = df.from_csv('malware_features.csv')

plottable = malware_df[[c for c in malware_df.columns if c != 'hash']]
plottable = plottable.head(63) # change this to 64 and everything stops working

euc = euclidean_distances(plottable)
mds = manifold.MDS(n_jobs=-1, random_state=1337, dissimilarity='precomputed')
pos_e = mds.fit(euc).embedding_

plottable['xpos'] = pos_e[:,0]
plottable['ypos'] = pos_e[:,1]
with ppl.pretty:
    fig, ax = ppl.subplots(figsize=(6,8))
ppl.scatter(ax, plottable.xpos, plottable.ypos)
plt.show()

---

这里有一个链接，如果有帮助的话，你可以从中下载我正在使用的文件。

这必须与版本有关。在我的计算机（2003，1个AMD内核，2 Gb RAM）中，此代码运行约3秒钟：

#import pandas as pd
from pandas import DataFrame as df
from sklearn.metrics.pairwise import euclidean_distances
#from sklearn.metrics.pairwise import manhattan_distances
from sklearn import manifold
from matplotlib import pyplot as plt 
import prettyplotlib as ppl 

malware_df = df.from_csv('malware_features.csv')

plottable = malware_df[[c for c in malware_df.columns if c != 'hash']]
plottable = plottable.head(128) # change this to 64 and everything stops working

euc = euclidean_distances(plottable)
mds = manifold.MDS(n_jobs=-1, random_state=1337, dissimilarity='precomputed')
pos_e = mds.fit(euc).embedding_

plottable['xpos'] = pos_e[:,0]
plottable['ypos'] = pos_e[:,1]

fig, ax = ppl.subplots(figsize=(6,8))

ppl.scatter(ax, plottable.xpos, plottable.ypos)
plt.show()

要生成此图形，请执行以下操作：

请注意，在尝试64次之后，我尝试了128次，但没有失败，为了查看发生了什么，我用ppl.pretty更改了

，这会引发错误，并且一切都正常运行。这是我的
pip冻结
：

brewer2mpl==1.4
matplotlib==1.4.0
numpy==1.9.0
pandas==0.14.1
prettyplotlib==0.1.7
reportlab==3.1.8
scikit-learn==0.15.2
scipy==0.14.0

和python 2.7.3。
如果删除其中一列，64是否仍然具有魔力？我的假设是，您可能会遇到一些内存边界和/或类似的问题@AndyHayden我更正了代码片段以解释pos_e是如何初始化的。这是基于欧几里德距离的点的位置，完全是这样。我没有想到要看看我的包裹是否过期了。我只运行了2000行，运行了7到10秒。