如何防止python加载'；错误'；包裹

显然，在我们的

Python/2.7.2

环境中加载了一个名为

CrossMap

的包，作为子包，

tabix

。当我启动这个版本的python并导入tabix时，

tabix

显示：

/hpcf/apps/python/install/2.7.2/lib/python2.7/site packages/CrossMap-0.1.6-py2.7-linux-x86_64.egg/tabix/u init_uu.pyc

，表明它是从

交叉映射加载的。现在，即使我
pip安装pytabix
（在
site packages
目录中创建一个
tabix.so
文件），它仍然会访问
CrossMap
版本。我甚至尝试使用
pip安装--user pytabix
安装
pytabix
来安装
localling，但它仍然加载
CrossMap
版本

如何将
import tabix
指向
tabix.so
文件而不是
CrossMap
的子包

更新：即使将
CrossMap
移动到“old_versions”目录，当我尝试加载
tabix
时，它仍然会遇到另一个包，该包将
tabix
作为子包。当我导入tabix
然后运行
tabix
时，我从
RSeQC-2.6.1
获得一个pysam包，即使我在主
站点包
目录中有
pytabix
作为自己的包。同样的事情也发生在
pysam
包中。有什么想法吗？
您可以尝试将
pytabix
安装到不同的文件夹
pip install--target=“/path/to/your_new_path”pytabix
，并将此新路径添加到
sys.path
：

导入系统
sys.path.insert（0，“/path/to/your\u new\u path”）

---

然后像导入您的新路径一样导入。tabix

看起来您需要将pytabix放在sys.path前面出现的目录中，或者将CrossMap移动到路径下更远的目录中

我喜欢选择pytabix这个概念。如果可以：

修改shell的系统配置文件（/etc/bash.bashrc）以包含以下内容：

export PYTHONPATH=$HOME/stuff/onpythonpath

使用

pip安装--target=“$HOME/stuff/onpythonpath”pytabix

修改系统范围的配置文件应该很早就将新路径放入

sys.path

选择pytabix的另一种方法是以可编辑模式安装它。在我的系统中，具有将新安装的软件包首先放置在sys.path中的效果：

例： 我之前的路径（包括通过在配置文件中导出PYTHONPATH添加的“onpythonpath”）：

现在运行后：

pip install -e git+https://github.com/slowkow/pytabix.git@40e7a78ba6fdfbf72a25da718f530e7c1bad389e#pytabix

这是我的路径：

['',
 '/usr/local/bin',
 '/home/keith/src/pytabix',
 '/home/keith/devel/onpythonpath',
 '/usr/lib/python2.7',
 '/usr/lib/python2.7/plat-x86_64-linux-gnu',
 '/usr/lib/python2.7/lib-tk',
 '/usr/lib/python2.7/lib-old',
 '/usr/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/usr/local/lib/python2.7/dist-packages']

---

您可以使用python版本的

站点包

文件夹中的

.pth

文件为用户手动排序

系统路径

easy_install

也使用此功能将内容添加到路径中。

导入任何模块时，它会首先查找当前目录， 之后，它开始查看系统路径，即按照其出现的顺序（时间顺序）， 检查使用：

import sys 
print sys.path

因此，初学者的方法是交换列表元素，并将需要导入的路径放在第0个索引处，（交换列表） 为了理解这一概念，可以做上述工作。（在实际实施中从来都不是一个好方法）

或者如果可以在导入之前附加路径

import sys
# the PackageFolder dir contains foo.py, bar.py 
sys.path.append('/foo/bar/PackageFolder')

from foo import ChocolateClass
from bar import RunClass,WalkClass

更好的方法是指定导入模块的路径：

import bar
foo = bar.load_source('module.name', '/path/to/file.py')
foo.MyClass()

对于编译后的Python文件和DLL，有一些等效的方便函数。 不幸的是，对于Python 3.3+来说，这有点复杂：

import importlib.bar
loader = importlib.bar.SourceFileLoader("module.name", "/path/to/file.py")
foo = loader.load_module()
foo.MyClass()

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希望这有帮助。

我建议您在项目中使用virtualenv。Virtualenv是避免名称空间污染和冲突的一种很好的方法

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要调试不知道特定模块隐藏在何处的情况，可以尝试在交互式Python shell中导入特定模块，并打印该模块的

\uuuuu file\uu

属性。但并非在所有情况下都能工作，例如压缩模块，但可以让您开始。

据我所知，解决此问题的最干净的方法是由虚拟机管理程序（如Vagrant）提供的完全隔离，而不是由

virtualenv

提供的部分隔离

我不知道您是否熟悉

virtualenv

，但它的问题是它只提供python级别的隔离。对于依赖于系统库的python包，只有这些包的python级部分是隔离的。

tabix

和

pysam

似乎都具有系统级依赖关系。因此，创建一个没有安装

CrossMap

的干净虚拟环境应该可以解决这个问题

这对你来说是否真的是一个可行的解决方案完全是另一回事。我只是想提出我的两分钱，因为其他建议的解决方案似乎不适合你。我个人也觉得这是一个更好、更干净的解决方案，比处理sys.path或手动设置模块指向某些文件要好

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不过，Vagrant非常容易设置，而且对于整个团队来说，在相同的环境中工作非常容易，使用他们自己的工具，从他们习惯的主机上进行操作。有关更多详细信息，请参阅。

我可以试试，但我正在为多个用户进行群集范围的安装，他们希望

import tabix

能够开箱即用。我宁愿在后端找到一个解决方案，使

import tabix

指向正确的安装。即使有一种方法可以修改环境以代表他们这样做，那也会更好。有可能吗？为了能够导入同名软件包，用户应该将

pytabix

安装到

C:\Python27

或moveimport importlib.bar loader = importlib.bar.SourceFileLoader("module.name", "/path/to/file.py") foo = loader.load_module() foo.MyClass()