Python 使用Rpy2执行r脚本并将结果写入csv文件时丢失记录

在使用Rpy2 execute r-script时，我一直遇到输出文件中缺少记录的问题，该脚本具有将分析结果写入csv文件的功能。请参阅下面的源代码

例如，我的源文件（f2）中有785条记录，分析后，输出文件（已处理）中应该有785条记录。然而，我在输出文件中得到的记录更少。当我直接在r中运行r脚本时，没有这样的问题。有人知道什么是错误的吗？谢谢

def make_standardization(filename,outdata):
traindata = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, "default_predict_train.csv") 
testdata = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, filename) 


robjects.r.assign("f1",traindata)
robjects.r.assign("f2",testdata)
robjects.r.assign("processed", outdata)

robjects.r("""
    train.dta=read.csv(f1,header=T)
    test.dta=read.csv(f2,header=T)

    train.h=train.dta[,c(1:2)]
    train.x=train.dta[,-c(1:2)]
    train.colnames=sub("PFGE.XbaI.","",colnames(train.x))
    train.colnames=as.numeric(train.colnames)

    test.h=test.dta[,c(1:2)]
    test.x=test.dta[,-c(1:2)]
    test.x=t(t(test.x))
    temp=matrix(as.numeric(test.x),nrow=nrow(test.x),ncol=ncol(test.x))
    colnames(temp)=colnames(test.x)
    test.x=temp
    test.x[is.na(test.x)]=0.5
    test.colnames=sub("PFGE.XbaI.","",colnames(test.x))
    test.colnames=as.numeric(test.colnames)


    temp=matrix(0,nrow=nrow(test.x),ncol=ncol(train.x))
    colnames(temp)=colnames(train.x)
    rownames(temp)=rownames(test.x)

    for(i in 1:ncol(train.x)){

        if(i == 1) {
            index=which( test.colnames > (train.colnames[i]+train.colnames[i+1])/2    )
            if(length(index)==1){
                temp[,i]=test.x[,index]
            }else{
                temp[,i]=1*(rowSums(test.x[,index])>0)
            }
        }

        if(i == ncol(train.x)) {
            index=which( test.colnames <= (train.colnames[i]+train.colnames[i-1])/2    )
            if(length(index)==1){
                temp[,i]=test.x[,index]
            }else{
                temp[,i]=1*(rowSums(test.x[,index])>0)
            }
        }        

        if(i >1 && i< ncol(train.x)){
            index=which( test.colnames > (train.colnames[i]+train.colnames[i+1])/2  & test.colnames <= (train.colnames[i]+train.colnames[i-1])/2    )
            if(length(index)==1){
                temp[,i]=test.x[,index]
            }else{
                temp[,i]=1*(rowSums(test.x[,index])>0)
            }            
        }            

    }

    test.x=cbind(test.h,temp)

    write.csv(test.x,processed)

""")

def make_标准化（文件名、输出数据）：
traindata=os.path.join（settings.MEDIA\u ROOT，“default\u predict\u train.csv”）
testdata=os.path.join（settings.MEDIA\u ROOT，文件名）
robjects.r.assign（“f1”，列车数据）
robjects.r.assign（“f2”，测试数据）
robjects.r.assign（“已处理”，输出数据）
robjects.r（“”）
train.dta=read.csv（f1，页眉=T）
test.dta=read.csv（f2，头=T）
列车h=列车dta[，c（1:2）]
序列x=序列dta[，-c（1:2）]
train.colnames=sub（“PFGE.XbaI.”，“”，colnames（train.x））
train.colnames=as.numeric（train.colnames）
试验h=试验dta[，c（1:2）]
test.x=test.dta[，-c（1:2）]
试验x=t（t（试验x））
温度=矩阵（如数字（测试x），nrow=nrow（测试x），ncol=ncol（测试x））
colnames（temp）=colnames（test.x）
测试x=温度
测试x[is.na（测试x）]=0.5
test.colnames=sub（“PFGE.XbaI.”，“”，colnames（test.x））
test.colnames=as.numeric（test.colnames）
温度=矩阵（0，nrow=nrow（测试x），ncol=ncol（序列x））
colnames（temp）=colnames（train.x）
行名称（临时）=行名称（test.x）
适用于（i/1:ncol（第x列））{
如果（i==1）{
index=which（test.colnames>（train.colnames[i]+train.colnames[i+1]）/2）
如果（长度（索引）==1）{
温度[，i]=测试x[，索引]
}否则{
temp[，i]=1*（行和（test.x[，index]）>0）
}
}
如果（i==ncol（序列x））{
index=which（test.colnames 0）
}
}        
如果（i>1&&i（train.colnames[i]+train.colnames[i+1]）/2和test.colnames 0）
}            
}            
}
测试x=cbind（测试h，温度）
write.csv（test.x，已处理）
""")

我无法想象这与rpy2有什么关系——您是否检查过，以确保从python运行脚本时使用的文件与从R运行脚本时使用的文件完全相同？您应该尽可能提供自包含的示例代码。弥补一下可能会帮助你解决问题。另外，如果你修正了你文章中的缩进格式也会很有帮助。谢谢所有的提示。事实证明，这并不是诺亚所怀疑的密码问题。我在代码的另一部分添加了flush（），问题就解决了。谢谢