Python 2.7-识别致病岛-计算字符串各部分的GC含量

我正在尝试编写一个函数，它查看较长字符串的一段，计算GC内容，然后继续下一段，依此类推

我已经有了一个计算GC内容的函数。我在编写函数中隔离较长字符串段的部分时遇到问题

例如：我有字符串“tatagcatcgatctctgacgtagatcgatcgatctata”，我希望函数查看前5个索引，调用现有函数计算GC内容，然后继续下5个索引，依此类推，直到字符串结束

这是我用来计算GC内容的函数

def GCcont(DNA):
    '''calculate GC content'''
    counter=0
    for nuc in DNA:
        if nuc=='G' or nuc=='C':
            counter=counter+1
    return counter/float(len(DNA))

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有人有什么建议吗？

我会制作一个发生器，将你的DNA序列块吐出来：

def section(dna, blocksize):
    start = 0
    while True:
        end = start + blocksize
        yield dna[start:end]
        if end > len(dna):
            break
        start = end

它是这样工作的：

>>> dna = 'TATAGCATCGATCTCTGACGTATCGATCGATCGTCTATATA'
>>> list(section(dna, 5))
['TATAG', 'CATCG', 'ATCTC', 'TGACG', 'TATCG', 'ATCGA', 'TCGTC', 'TATAT', 'A']

然后，计算每个块的GC内容非常简单：

>>> [GCcont(block) for block in section(dna, 5)]
[0.2, 0.6, 0.4, 0.6, 0.4, 0.4, 0.6, 0.0, 0.0]

还有一种方法：

def get_gc_across_sections(s):
    sections =  [s[i:i+5] for i in range(0, len(s), 5)]
    return [GCcont(section) for section in sections]

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顺便说一句，Python中的函数名通常使用snake-case，而不是camel-case。

感谢大家对snake-vs-camel案例的介绍。我发现这与PEP 0008样式指南中的内容类似。我正在使用的这本书一直使用驼峰案例惯例。没问题！是的，没错。我要说的是，大多数Python程序员要么遵循pep-8要么遵循Google Python风格指南，这两个指南都提倡这种命名约定。不过，无论你选择什么风格，保持一致可能更重要。