使用python定义路径

我正在使用程序GTDBtk，这是一个使用其他程序的工具包。当我使用终端运行GTDBtk时，它给了我一个错误：

[2020-03-15 18:58:22] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.

我通过编写代码解决了这个问题

PATH=“/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch:$PATH”

现在，由于我需要多次运行这个程序，我正在用Python编写一个脚本。写这段代码时，我发现了同样的错误，我不知道如何解决它

[2020-03-21 11:26:37] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.

如何使用python定义路径？或者我做错了什么

我试过这个，但不走运：

os.system('PATH="/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch:$PATH"')

以下是我填写的代码：

#Define directory
os.chdir('/Users/monkiky/Desktop/prueba/GTDBTk-1.0.1')

# We define the environment variable
os.environ['GTDBTK_DATA_PATH'] = "/Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89" 

# Add the path of prodigal (here the problem bust be)
sys.path.append("/Users/monkiky/Desktop/GTDB/GTDBTk-1.0.1/hmmsearch")


#Run the program
os.system('gtdbtk identify --genome_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/input --out_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/prueba')

输出

2020-03-21 14:29:09] INFO: GTDB-Tk v1.0.2
[2020-03-21 14:29:09] INFO: gtdbtk identify --genome_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/input --out_dir /Users/monkiky/Desktop/GTDB/prueba
[2020-03-21 14:29:09] INFO: Using GTDB-Tk reference data version r89: /Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch is not on the system path.
[2020-03-21 14:29:09] ERROR: Controlled exit resulting from early termination.
<built-in function chdir>

2020-03-21 14:29:09]信息：GTDB Tk v1.0.2
[2020-03-21 14:29:09]信息：gtdbtk识别——基因组目录/Users/monkiky/Desktop/GTDB/input——输出目录/Users/monkiky/Desktop/GTDB/prueba
[2020-03-21 14:29:09]信息：使用GTDB Tk参考数据版本r89:/Users/monkiky/Desktop/GTDB/gtdbtk/release89
hmmsearch不在系统路径上。
[2020-03-21 14:29:09]错误：提前终止导致受控退出。

如果只想将路径附加到路径，请使用

导入操作系统
path='/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch'
os.environ[“PATH”]+=os.pathsep+PATH

看

或者，您可以：

手动将

/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch

添加到您的系统环境（我们称之为

HMM\u SEARCH\u PATH

）并调用：

导入操作系统
path=os.getenv（'HMM\u SEARCH\u path'））
#在任何需要的地方使用路径，例如。
打印（路径）

或者

在项目文件夹中创建一个

.env

文件并插入

HMM\u SEARCH\u PATH=/Users/monkiky/Desktop/Data/hmmer-3.3/src/hmmsearch

，然后在python脚本中：

导入操作系统
从dotenv导入加载\u dotenv
加载_dotenv（）
path=os.getenv（'HMM\u SEARCH\u path'））
#在任何需要的地方使用路径，例如。
打印（路径）

---

有关更多信息，请参阅和此。

os.system

启动一个新的shell，在该shell中执行赋值，然后该shell退出<当前进程中的代码>路径未更改。问题是OP希望对路径执行什么操作：将其添加到

路径

环境变量。抱歉。我尝试了你所有的建议，但我也犯了同样的错误。我将更改问题并添加已完成的代码