使用python计算字母在某个位置出现的次数

我是一名python初学者，遇到了这个问题，我不确定如何着手解决它

如果我有以下序列/字符串：

关贸总协定

GTACGC

如何计算每个字母在每个位置出现的频率。ie）G在两个序列中的位置1处出现两次，A在位置1处出现零次等

---

任何帮助都将不胜感激，谢谢

您可以使用和的组合，例如：

这将构建一个嵌套的

defaultdict

，它将字符作为第一个键，位置作为第二个键，并提供所述字符在所述位置出现的次数

如果需要职位计数列表：

max_len = max(map(len, sequences))
d = defaultdict(lambda: [0]*max_len)  # d[char] = [pos0, pos12, ...]
for seq in sequences:
    for i, char in enumerate(seq): 
        d[char][i] += 1

d['G']  # [2, 0, 0, 0, 1, 1]

---

您可以使用和的组合，例如：

这将构建一个嵌套的

defaultdict

，它将字符作为第一个键，位置作为第二个键，并提供所述字符在所述位置出现的次数

如果需要职位计数列表：

max_len = max(map(len, sequences))
d = defaultdict(lambda: [0]*max_len)  # d[char] = [pos0, pos12, ...]
for seq in sequences:
    for i, char in enumerate(seq): 
        d[char][i] += 1

d['G']  # [2, 0, 0, 0, 1, 1]

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不确定这是否是最好的方法，但您可以使用zip对字符串进行某种转置，在每个位置生成字母元组，例如：

x = 'GATCCG' 
y = 'GTACGC'

zipped = zip(x,y)

print zipped

将作为输出生成：

[('G', 'G'), ('A', 'T'), ('T', 'A'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'C')]

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您可以从元组中看到，两个字符串的第一个位置包含两个G，第二个位置包含一个A和一个T，等等。然后您可以使用计数器（或其他方法）获取所需内容

不确定这是最好的方法，但您可以使用zip对字符串进行某种转置，在每个位置生成字母元组，例如：

x = 'GATCCG' 
y = 'GTACGC'

zipped = zip(x,y)

print zipped

将作为输出生成：

[('G', 'G'), ('A', 'T'), ('T', 'A'), ('C', 'C'), ('C', 'G'), ('G', 'C')]

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您可以从元组中看到，两个字符串的第一个位置包含两个G，第二个位置包含一个A和一个T，等等。然后您可以使用计数器（或其他方法）获取所需内容

你想要什么格式的？你能给我们举个例子吗，比如

{'g'：[2,0,0,0,1,1]，…}

？这就是你想要的吗？是的，一本字典就好了！你想要什么格式的？你能给我们举个例子吗，比如

{'g'：[2,0,0,0,1,1]，…}

？这就是你想要的吗？是的，一本字典就好了！对不起，你能解释一下这是做什么的吗？哦，谢谢，我得到了一些输出，我明白了。我希望输出看起来更像{'g'：[2,0,0,0,1,1]，…}，这可能吗。现在你应该得到保护。我认为defaultdicts的功能相当直观。再次抱歉，我在d[char].append[I]行中遇到了一个类型错误。TypeError:“内置函数”或“方法”对象不可下标？我做了一些编辑。使用当前版本。它经过测试；）对不起，你能解释一下这是做什么的吗？哦，谢谢，我得到了一些输出，我明白了。我希望输出看起来更像{'g'：[2,0,0,0,1,1]，…}，这可能吗。现在你应该得到保护。我认为defaultdicts的功能相当直观。再次抱歉，我在d[char].append[I]行中遇到了一个类型错误。TypeError:“内置函数”或“方法”对象不可下标？我做了一些编辑。使用当前版本。它经过测试；）