如何在python中以Nifti格式编辑和保存三维体积的体素大小和相应仿射？

我正在更改一些3D体积的体素大小。如何编辑

pixdim

字段并计算新的

affine

我有一些磁共振体是各向异性的，体素大小是，比如说，

0.5x0.5x3

mm。我有一些代码可以将它们插值到各向同性（比如

0.5x0.5x0.5

mm体素大小）体积中。 问题是，当我需要保存文件时，我必须计算仿射以将ijk空间中现在密度更大的体素映射到参考xyz空间。我该怎么做

首先，我的想法是使用旧的仿射并计算新的仿射

例如，如果体积V的形状为

256 x 256 x 20

体素，体素大小为

0.5 x 0.5 x 3

体素大小，并插入体积U

256 x 256 x 120

体素大小为

0.5 x 0.5

旧仿射将执行

[255 255 19]OA=[X Y Z]

，新仿射应执行

[255 255 119]NA=[X Y Z]

，我们知道

AX=bx=inverse（A）B

因此，新的仿射应该是

逆（[255 255 255 119]）[X Y Z]

。 然而，逆矩阵只存在于方阵中。不会有这样的

逆（[255 255 119]）

在python nibabel matlab nifti工具箱中似乎没有

set\u voxel\u size

函数等等。这是怎么回事

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如何明确更改体素大小？

我目前面临类似的问题。为了解决这个问题，我从头开始创建了一个nifti头，其中包含0.5 mm的各向同性体素和所需的形状。可以使用设置体素大小（单位：mm）

将nibabel作为nib导入
将numpy作为np导入
hdr=nib.Nifti1Header（）
hdr.set_数据_形状（（256、256、120））
hdr.set_缩放（（0.5,0.5,0.5））#设置体素大小
hdr.set_xyzt_单位（2）#毫米
dst_aff=hdr.get_best_affine（）
src_aff=np.眼（4）
src_aff_inv=np.linalg.inv（src_aff）
转换=np.matmul（src_aff_inv，dst_aff）

我目前面临着类似的问题。为了解决这个问题，我从头开始创建了一个nifti头，其中包含0.5 mm的各向同性体素和所需的形状。可以使用设置体素大小（单位：mm）

将nibabel作为nib导入
将numpy作为np导入
hdr=nib.Nifti1Header（）
hdr.set_数据_形状（（256、256、120））
hdr.set_缩放（（0.5,0.5,0.5））#设置体素大小
hdr.set_xyzt_单位（2）#毫米
dst_aff=hdr.get_best_affine（）
src_aff=np.眼（4）
src_aff_inv=np.linalg.inv（src_aff）
转换=np.matmul（src_aff_inv，dst_aff）

感谢您回答如何更改尺码的问题。但这种方法仍然放弃了将体素坐标映射回扫描仪坐标的仿射。感谢您回答如何更改大小。但这种方法仍然放弃了将体素坐标映射回扫描仪坐标的仿射。