Python 通过对行的迭代交换脚本中的行

这是我的档案：

>ref
AAAAAAA
>seq1
BBBBBBB
>ref
AAAAAAA
>seq2
CCCCCCC
>ref
AAAAAAA
>seq3
DDDDDDD
...

以下是我想要的：

>seq1
AAAAAAA
>ref
BBBBBBB
>seq2
AAAAAAA
>ref
CCCCCCC
>seq3
AAAAAAA
>ref
DDDDDDD
...

因此，将第1行与第3行交换，将第5行与第7行交换，将第9行与第11行交换，以此类推。

---

任何关于我如何做的建议（用bash、perl或python）都将不胜感激

从命令行使用perl

perl -ne 'push @r, $_; print(@r[2,1,0,3]), @r=() if @r==4 or eof' file

这是Python2.7

在这里，您逐行检查输入文件。如果该行为

ref

，则将其替换为

seq

，并带有一个运行编号。其他线路保持不变

fo = open("input.txt", "r")
calc = 1
ref = "ref"
seq = "seq"

for lines in fo:
    lines = lines.strip()
    if "ref" in lines:
        lines = seq + str(calc)
        calc = int(calc) +1 
        print lines
    elif "seq" in lines:
        print ref
    else:
         print lines

输出：

seq1
AAAAAAA
ref
BBBBBBB
seq2
AAAAAAA
ref
CCCCCCC
seq3
AAAAAAA
ref
DDDDDDD

---

1） 选择一种语言2）展示你迄今为止的尝试，你必须为我们提供一个最简单的工作示例。这也有助于我们了解您在解决问题方面所做的努力。：）使用

awk

这是小菜一碟。在伪代码中，如果行包含“>ref”{store line header；next line；store line content；next line；next line；print“>ref”；打印当前行；打印存储行header；打印存储行content}”，则可以使用

awk'

Wowowoh，对不起，伙计们，我并没有说我已经尝试过的内容！我用Vim打开了我的文件，然后做了

：1m3 | 1m2 | 5m7 | 5m6 | 9m11 | 9m10

，但对于一个长文件来说，这样做有点像噩梦！这就是我想到另一个剧本的原因@贝类，我明白了，但是我对awk不够熟悉，吃不下这“蛋糕”；）在vim中录制一个宏，并根据需要执行多次。谷歌的宏维姆，它是一个救命稻草