在Python中读取HDF文件的属性

我在熊猫中读取hdf文件时遇到问题。到目前为止，我还不知道文件的密钥

在这种情况下，如何读取文件[data.hdf]？而且，我的文件是.hdf而不是.h5，它对数据获取有影响吗

我发现您需要一个“商店中的组标识符”

pandas.io.pytables.read_hdf(path_or_buf, key, **kwargs)

我能够从pytables中获取元数据

File(filename=data.hdf, title='', mode='a', root_uep='/', filters=Filters(complevel=0, shuffle=False, fletcher32=False, least_significant_digit=None))
/ (RootGroup) ''
/UID (EArray(317,)) ''
  atom := StringAtom(itemsize=36, shape=(), dflt='')
  maindim := 0
  flavor := 'numpy'
  byteorder := 'irrelevant'
  chunkshape := (100,)
/X Y (EArray(8319, 2, 317)) ''
  atom := Float32Atom(shape=(), dflt=0.0)
  maindim := 0
  flavor := 'numpy'
  byteorder := 'little'
  chunkshape := (1000, 2, 100)

如何通过pandas使其可读？

文档是。但是，您将能够直接阅读熊猫显示的格式。您需要使用PyTables来读取它。pandas可以直接读取PyTables表格格式，即使没有pandas使用的元数据。

首先（.hdf或.h5）没有任何区别。 第二，我不确定熊猫的情况，但我看到HDF5键如下：

import h5py
h5f = h5py.File("test.h5", "r")
h5f.keys()

或

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pyhdf

将是python中hdf文件的替代选项

您可以从以下位置读取和查看密钥：

import pyhdf
hdf = pyhdf.SD.SD('file.hdf')
hdf.datasets()

我希望它能帮助你！

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gud luck

您可以使用此简单函数查看HDF文件中任何变量的名称（仅适用于科学模式下的变量）

从pyhdf.SD导入*
def HDFvars（文件）：
"""
提取hdf文件的变量名
"""
#hdfFile=SD.SD（文件，模式=1）
hdfFile=SD（文件，模式=1）
dsets=hdfFile.datasets（）
k=[]
对于dsets.keys（）中的键：
k、 附加（键）
k、 排序（）
hdfFile.end（）#关闭文件
返回k

如果变量不在科学模式下，您可以尝试使用下面的程序来显示其中包含的vgroups的内容 任何HDF文件

从pyhdf.HDF导入*
从pyhdf.V导入*
从pyhdf.VS导入*
从pyhdf.SD导入*
def描述变量（参考编号）：
#用给定的refnum描述vgroup。
#在读取模式下打开vgroup。
vg=v.attach（参考编号）
打印“--------------------”
打印“名称：”，vg.\u名称，“类别：”，vg.\u类别，“标记，参考：”，
打印vg.\u标记，vg.\u参考编号
#显示每个主要对象类型的成员数。
打印“成员：”，vg.\n成员，
打印“数据集：”，vg.nrefs（HC.DFTAG\U NDG），
打印“vdatas:”，vg.nrefs（HC.DFTAG_VH），
打印“vgroups:”，vg.nrefs（HC.DFTAG_vg）
#阅读vg组的内容。
members=vg.tagrefs（）
#显示每个成员的信息。
索引=-1
对于标记，在成员中引用：
指数+=1
打印“成员索引”，索引
#Vdata标签
如果标签==HC.DFTAG_VH：
vd=vs.连接（参考）
nrecs、intmode、字段、大小、名称=vd.inquire（）
打印“vdata:”，名称，“标记，参考：”，标记，参考
打印“字段：”，字段
打印“nrecs:”，nrecs
vd.detach（）
#SDS标签
elif标记==HC.DFTAG\u NDG：
sds=sd.select（sd.reftoindex（ref））
名称、等级、dims、类型、nattrs=sds.info（）
打印“数据集：”，名称，“标记，引用：”，标记，引用
打印“dims:”，dims
打印“类型：”，类型
sds.endaccess（）
#VS标签
elif tag==HC.DFTAG\u VG：
vg0=v.连接（参考）
打印“vgroup:”，vg0.\u名称，“tag，ref:”，tag，ref
vg0.detach（）
#未处理标签
其他：
打印“未处理的标记，参考”，标记，参考
#封闭vg组
vg.detach（）
#以只读模式打开HDF文件。
filename='yourfile.hdf'
hdf=hdf（文件名）
#初始化文件上的SD、V和VS接口。
sd=sd（文件名）
vs=hdf.vstart（）
v=hdf.vgstart（）
#扫描文件中的所有VG组。
ref=-1
而1：
尝试：
ref=v.getid（ref）
打印参考
除了HDF4Error，msg:#没有更多的vgroup
打破
描述（参考）

import pyhdf
hdf = pyhdf.SD.SD('file.hdf')
hdf.datasets()