Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/7/user-interface/2.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Python脚本导入错误:没有名为celltool.simple\u接口的模块_Python_Numpy - Fatal编程技术网

Python脚本导入错误:没有名为celltool.simple\u接口的模块

Python脚本导入错误:没有名为celltool.simple\u接口的模块,python,numpy,Python,Numpy,所以我使用的是Windows8,我正在为我的研究做一些图像分析。它需要运行名为“calculate_distance.py”的python脚本(我没有编写)。我也在使用CellTool()和Numpy,我已经成功安装了它们 当我尝试运行calculate_distances脚本时,出现以下错误: Traceback (most recent call last): file "calculate_distances.py" line 4, in <module> import cel

所以我使用的是Windows8,我正在为我的研究做一些图像分析。它需要运行名为“calculate_distance.py”的python脚本(我没有编写)。我也在使用CellTool()和Numpy,我已经成功安装了它们

当我尝试运行calculate_distances脚本时,出现以下错误:

Traceback (most recent call last):
file "calculate_distances.py" line 4, in <module>
import celltool.simple_interface as si
ImportError: No module named celltool.simple_interface
回溯(最近一次呼叫最后一次):
文件“calculate_distances.py”第4行,在
将celltool.simple_接口作为si导入
ImportError:没有名为celltool.simple\u接口的模块
这是我的calculate_distance.py脚本:

#!/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5/bin/python
# Import various celltool modules

import celltool.simple_interface as si
import celltool.contour.contour_class as contour_class
from celltool.utility.path import path
import celltool.utility.datafile as datafile
import numpy

# Designate your working directory - ie, replace '/parent_directory/' with the path that contains your contour files
#parent_dir=path('/parent_directory/')
parent_dir=path('./')

# Identify and load  all of the contour files
contour_files=parent_dir.files('*.contour')
contours=si.load_contours(contour_files)
all_distances=numpy.arange(len(contours[0].points))

# Calculate the normal displacement of the cell boundary at every contour point.
n=1
while n<len(contours):
contour_class.Contour.global_reorder_points(contours[n],contours[n-1])
displacement_vectors = contours[n-1].points - contours[n].points
normals = contours[n-1].inward_normals()
distances  = (normals * displacement_vectors).sum(axis=1)
all_distances=numpy.vstack((all_distances,distances))
n=n+1

# Save a csv file with the normal displacement of the boundary at each contour point (columns) at each time point (rows)
datafile.write_data_file(all_distances,parent_dir/'distances.csv')
#/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.5/bin/Python
#导入各种celltool模块
将celltool.simple_接口作为si导入
导入celltool.contour.contour_类作为contour_类
从celltool.utility.path导入路径
将celltool.utility.datafile作为数据文件导入
进口numpy
#指定您的工作目录-即,用包含轮廓文件的路径替换“/parent_directory/”
#parent_dir=路径('/parent_directory/'))
父目录=路径(“./”)
#识别并加载所有轮廓文件
contour\u files=父目录文件('*.contour')
等高线=si.加载等高线(等高线文件)
所有距离=numpy.arange(len(等高线[0]。点))
#计算每个轮廓点处单元边界的法向位移。
n=1

而n则有两种选择

  • 如果尚未将
    CellTool
    安装目录添加到
    PYTHONPATH
    环境变量中(必要时创建此变量)。 搜索像celltool.dll或libcelltool.dll(甚至是celltool.py)这样的东西。看看是否有帮助。如果没有:
  • 按照以下几个步骤编译源代码。。。安装MinGW(安装程序),在安装程序要求时检查C/C++(gcc/g++)和Fortran。然后将
    C:/MinGW/bin
    (或安装MinGW的位置)添加到
    PATH
    环境变量中。从网站下载并解压缩CellTool源程序包。最后打开一个命令shell(搜索
    cmd
    program),将目录更改为新解包的目录,并通过键入以下内容进行构建:

    python setup.py安装

  • 这应该正确编译并将
    celltool
    python包安装到python安装的
    site-packages
    目录中。
    选项2是确保/安全(但不是最简单的,我同意)的工作方式。

    简单接口
    是来自
    celltool
    的函数或类,还是子模块?这将使你需要的答案有所不同。错误告诉您找不到要导入的内容。@SethMMorton抱歉,我不太懂编程语言,所以我不确定simple_接口指的是什么。是我唯一的资源,它没有说任何具体的。对我能做什么有什么建议吗?谢谢看起来celltool是一个命令行程序。它没有提到任何关于python API(应用程序编程接口)的内容。您确定可以在python脚本中使用它吗?是的,CellTool位于命令行/终端中。我以前使用的是OSX 10.8/Python2.7.2,一切都很好,我将相同的步骤应用到Windows 8,我得到了错误。可能是因为它与Windows不兼容吗?我下载了celltool的源代码,我确实看到它们提供了一个。你链接到的文档没有提到它,那么你用什么作为你发布的脚本的模板呢?另外,如果您的脚本只显示了
    import-celltool
    ,是否会出现错误?