Python 不同视野下非各向同性CT扫描的配准

我对医学图像配准非常陌生

我正在尝试登记两个CT体积，第一个是轴向的，大小为（384384,31），间距为（0.57,0.57,4.8），第二个是矢状扫描，大小为（384384,15），间距为（0.67,0.67,2.2），以便使用它们之间的重叠区域创建超分辨率并获得各向同性扫描

所以问题是，这些体积有不同的方向和不同的视野。也就是说，矢状扫描中的轴向切片仅包含轴向扫描中存在的一小部分，换句话说，我需要在轴向扫描中裁剪轴向切片以匹配矢状切片的FOV，以此类推，为SimpleTk刚性配准算法创建遮罩

我还认为我需要在某个点对两个卷进行重采样的遮罩

我的问题是，如何创建掩码，以及如何使用nifti文件中可用的任何元数据来创建掩码？我有方向，原点和索引点矩阵

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非常感谢。

我将从一些评论开始：

在SimpleTk世界中，两张图像都是体积，没有根本区别（轴向和矢状）。这些卷只是具有不同的间距，这是注册框架隐式考虑的

我不知道你指的是矢状位CT扫描是什么意思。CT被重建/计算成轴向切片（x，y的间距小于沿z轴的间距，z轴是沿头-脚方向的扫描方向）。这似乎与两个体积的参数一致，因此不确定为什么将一个称为轴向，另一个称为矢状

要解决您的注册问题：

我会在固定图像上使用遮罩来指示预期的重叠区域（例如，图像底部的1/2），这样就不需要裁剪任何内容。然后需要设置初始变换，以便该区域与第二幅图像的上1/2重叠。掩码和初始化的组合将在相关区域和地图中具有注册算法样本点 将它们转换为运动图像

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