Python 高效地使用图形工具

经过深思熟虑，我终于决定把这个问题贴在这里。几天前，我开始使用

图形工具

做各种事情。在此之前，我一直在使用

Networkx

。我已经看到了令人印象深刻的，并认为一切都会很简单。然而，我立即遇到了速度问题，并涉及到它的一个特定方面。我很快得到了一个令我满意的答案。然而，现在这个速度问题时不时地困扰着我，我找不到任何关于

graph tool

的文档可以有效地使用它。例如，从我对上一个问题的回答中，我开始意识到最好将所有边添加在一起，而不是逐个添加，这是一个非常重要的注意点，但在任何地方都没有提到过！我现在还有两个类似的问题：

（1） 如何选择给定节点的随机邻居？我只能看到以下解决方案：

nbr = np.random.choice(list(v.all_neighbours()))

由于

v.all_neights（）

是一个生成器，因此我必须将其转换为列表以选择一个随机元素。这会减慢代码的速度，但我看不到任何更好的方法

（2） 我想为图中的每个顶点指定一个1d向量（是否

list

ok？），稍后我将以特定的方式交换和修改它们。这只是一个属性映射，我希望看到一些关于如何有效使用它的文档。但是，我找不到任何东西

（3） 我试着在一些网络中模拟一个随时间变化的网络。因此，在每个时间步，我需要一个关于图中每个顶点的邻域的信息。同样，我必须创建一个列表（或numpy数组）：

这大大降低了代码的速度。这意味着我没有正确地执行此操作，但我找不到任何文档可以告诉我如何在graph tool中有效地使用邻居

不知何故，我为同样的任务编写的

Networkx

程序的性能完全超过了图形工具代码，我根本买不到这些

这个列表可能会增加，因此，如果有人能告诉我一些关于高效使用图形工具的文档，除了回答上面提到的具体问题之外，我将非常高兴

提前谢谢

我将尝试提供更多“

图形工具”

-特定的”答案：

1） 实际上，这是与python相关的，所以您可能希望使用 但是，如果要重复执行此操作（并且如果有足够的可用内存），我认为最好将邻接矩阵作为

scipy

稀疏矩阵，然后使用该矩阵：

import graph_tool
from graph_tool.spectral import adjacency
import numpy as np

g = graph_tool.Graph()
g.add_vertex(100)
edges = np.random.randint(0, 100, (500,2))
g.add_edge_list(edges)

mat = adjacency(g).tolil()
rows = mat.rows.copy() # mat.rows = in-neighbours for each vertex
map(np.random.shuffle, rows)
rnd_neighbours = { i:row[0] for i, row in enumerate(rows) if row }

其中，

rnd_neights

包含每个非零度顶点的一个随机邻居索引

2） 读取和，

列表

s被接受为

python:：object

或只是

object

。然后，您可以将它们作为

PropertyMap

中的元素进行访问

3） 对于triadic Close，请查看邮件列表上的和

---

编辑：顺便说一下，我忘了提到它，但是您可以在

图形工具
中访问和更改启用
OpenMP\u
、
OpenMP\u get\u num\u threads
和
OpenMP\u set\u num\u threads
的OpenMP线程数。但是在文件里找不到它。。。但这里是。
您可以以数组的形式访问邻居和顶点，这将加快代码的速度，如文档中所述：

例如，不要执行以下操作：

nbr = np.random.choice(list(v.out_neighbours()))

你应该做：

nbr = np.random.choice(g.get_out_neighbours(v))

由于使用数组而不是列表，因此速度应该更快。
快速查看链接问题的公认答案，如果这是一个瓶颈，您似乎可以一次性添加边。可能不相关的OOP，因为我假设
networkx
there.Right。你对图形工具还有其他的想法吗？与我的预期相反，Networkx的工作速度相当快。这仅仅意味着我没有正确使用图形工具。我没有任何使用
图形工具的经验，事实上这是我第一次听说它。但如果他们声称它是有效的，我希望他们能有一些实现来匹配一次性添加所有边的功能，就像在
networkx
中一样。尽管如此，我还是亲自尝试了这个模块，看起来很有趣！这会引发错误：
AttributeError:“Vertex”对象没有属性“get_all_Neights”
@您可能正在使用旧版本。你需要升级。我正在使用今天升级到的2.26版。我使用的是Ubuntu 16.04。对不起，答案有误。我现在修复了。仍然抛出相同的错误。是因为我使用的是Ubuntu 16.04而不是最新的操作系统版本吗？
nbr = np.random.choice(g.get_out_neighbours(v))