python3:在os.walk上遇到问题

我有以下目录/文件设置（简化）：

在每个Y目录中，我需要创建一个“psub”文件，其中包含一个.dat文件列表，并将其附加到文件“top.txt”的副本中

我试图使用python 3中的os.walk函数来实现这一点：但是我遇到了两个问题：
1.新psub文件出现在X0.0目录中
2.代码没有列出任何文件名（可能是因为找不到任何文件名），然后给出错误，即找不到X0.05目录

到目前为止，我有以下代码：

import os

with open('top.txt', 'r') as reader:
    data=reader.read()
    for root, dirs, files in os.walk('.'):
        for folder in dirs:
            os.chdir(os.path.join(root, folder))
            with open('psub', 'a') as writer:
                writer.write(data)
                for names in files:
                    if names.endswith('.dat'):
                        print('gulp <' + names + '> ', end='', file=writer)
                        print(names.rsplit('.',1)[0], end='', file=writer)
                        print('.out', file=writer)

导入操作系统
使用open（'top.txt'，'r'）作为读卡器：
data=reader.read（）
对于os.walk（'.'）中的根目录、目录和文件：
对于目录中的文件夹：
chdir（os.path.join（根目录，文件夹））
以open（'psub'，'a'）作为写入程序：
writer.write（数据）
对于文件中的名称：
如果名称为.endswith（'.dat'）：
打印（'gulp'，end=''，file=writer）
打印（names.rsplit（'.'，1）[0]，end=''，file=writer）
打印（'.out'，file=writer）

生成的psub文件应为：

#!/bin/bash
#MOAB -l walltime=48:00:0
#MOAB -j oe
#MOAB -N GULP-job
cd "$PBS_O_WORKDIR"
module load apps/gulp
#!/bin/bash
gulp <X0.00Y0.00Z0.00.dat> X0.00Y0.00Z0.00.out
gulp <X0.00Y0.00Z0.05.dat> X0.00Y0.00Z0.05.out

#/bin/bash
#摩押-l walltime=48:00:0
#摩押-j oe
#摩押人的工作
cd“$PBS___WORKDIR”
模块加载应用程序/吞咽
#!/bin/bash
吞咽X0.00Y0.00Z0.00.00
吞咽X0.00Y0.00Z0.05.05

其中前七行在top.txt中

任何（简单的）关于我错在哪里的指点都将不胜感激。

---

Cheers

walk

意味着自己递归地遍历所有目录，因此 不需要自己遍历所有子目录。去掉dirs:循环中文件夹的

我还建议使用单个字符串格式命令替换多个打印语句，如下所示：

print('gulp <{}.dat> {}.out'.format(names.rsplit('.',1)[0]), file=writer)
#or use writer.write(), to make it more transparent

Python应该由许多小函数组成，而不是嵌套在二十层深处的大而长的怪物

此外，通过分解代码，您可以准确地确定代码的哪一部分导致了问题，因为您可以单独测试每个函数。如果您怀疑（例如）问题是无法正确识别
.dat
文件，您可以自行测试
isDat
功能，直到您修复它为止。如果您怀疑问题在于写入
psub
文件，可以通过使用虚拟实现替换
gulpline
来检查问题（在虚拟实现中，它使用预定的结果列表，或者让用户手动执行，而不是实际生成结果）

您可以做的另一件事是在循环中插入调试代码。例如，插入一条语句，在您（假定）向其写入
数据后输出
writer
的内容，以检查您是否实际拥有期望的内容。另一个调试选项是运行部分代码；例如，运行一个只执行walk循环的程序，或者只将
数据写入文件，或者只解析文件名（出于检查目的，将写入文件的内容打印到控制台）。
walk
意味着自己递归地遍历所有目录，因此
不需要自己遍历所有子目录。去掉dirs:
循环中文件夹的

我还建议使用单个字符串格式命令替换多个打印语句，如下所示：

print('gulp <{}.dat> {}.out'.format(names.rsplit('.',1)[0]), file=writer)
#or use writer.write(), to make it more transparent

Python应该由许多小函数组成，而不是嵌套在二十层深处的大而长的怪物

此外，通过分解代码，您可以准确地确定代码的哪一部分导致了问题，因为您可以单独测试每个函数。如果您怀疑（例如）问题是无法正确识别
.dat
文件，您可以自行测试
isDat
功能，直到您修复它为止。如果您怀疑问题在于写入
psub
文件，可以通过使用虚拟实现替换
gulpline
来检查问题（在虚拟实现中，它使用预定的结果列表，或者让用户手动执行，而不是实际生成结果）

您可以做的另一件事是在循环中插入调试代码。例如，插入一条语句，在您（假定）向其写入
数据后输出
writer
的内容，以检查您是否实际拥有期望的内容。另一个调试选项是运行部分代码；例如，运行一个只执行walk循环的程序，或者只将
数据写入文件，或者只解析文件名（出于检查目的，将写入文件的内容打印到控制台）。
您认为您的代码是做什么的？您对psub文件的功能/用途的解释有些混乱；它们是用来作为文件的目录列表，还是在您收集文件名时作为临时存储，还是它们已经是dat文件的目录？从解释来看，它们也可以是可执行文件，将某种目录列表附加到
psubtry.txt
@AJMansfield。psub文件将使我能够在hpc系统上运行计算化学代码（gulp），读取.dat文件作为输入。@AJMansfield我认为代码应该“遍历”目录：即在顶部目录“Ce”中查找和文件夹，然后在子目录中查找哪些文件/文件夹。我可以从我更改目录的那一行看出找不到X0.05目录的错误在哪里，但在其他方面我被难住了（可能会感到困惑……）<代码>操作系统.CHDIR 在<>代码>操作系统的迭代过程中.Wave肯定是一个bug。您不需要将代码> Chdir 写入一个目录中，在那里写入一个新文件——只需使用<代码> OS.PATH。
import os

def isDat(filename): return filename.endswith('.dat')

def hasDat(filenames): #this method checks if it contains one ending with '.dat'
    for filename in filenames:
        if isDat(filename): return true
    return false

def datFiles(filenames):
    for filename in filenames:
        if isDat(filename): yield filename

def gulpLines(filenames):
    for filename in datFiles(filenames):
        yield 'gulp <{}.dat> {}.out\n'.format(filename.rsplit('.',1)[0])

def makePsub(root, filenames, prologue):
    with os.open(os.path.join(root, 'psub'), 'a') as writer:
    #try putting 'psub.sh' instead, perhaps it is getting confused with no extension
        writer.write(prologue)
        for gulpLine in gulpLines(filenames):
            writer.write(gulpLine)


with open('top.txt') as reader:
    prologue=reader.read() #this is a much more descriptive name
#you can close it as soon as you have its contents

for root, dirs, filenames in os.walk('.'):
    if hasDat(filenames):
        makePsub(root, filenames, prologue)