网状-在Rmarkdown中运行python块

也许我遗漏了什么，但是如果下面的代码是我的Rmd文件的内容

```{r}
library(reticulate)
use_virtualenv("r-reticulate")
py_available(TRUE)
```
```{python}
a = 7
print(a)
```
```{r}
py$a
```

当我编织文件时，最后一块的输出是7（如预期的那样）。另一方面，单击Rstudio中的runall按钮（或逐个运行块），最后一个块的结果为

NULL

与之相比，在python块中为

flights

分配一些东西应该使

py$flights

可用于R，但情况似乎并非如此

问题:

有没有一种方法可以从R访问在以前运行的Python块（不是knit）中创建的变量？如何将python块中创建的变量“导出”到R

要理解在Rmarkdown文件的python块中单击run按钮时会发生什么，什么是一个好的参考

编辑：好的，在看到这里的第一个答案后，我确实将knitr和rmarkdown更新为最新版本，但仍然存在相同的问题。 我将

py\u available（TRUE）

添加到我的文件中，以确保它已初始化，但最后一个块在编织时会产生

7

，但逐个运行块会产生

> py$a
Error in py_get_attr_impl(x, name, silent) : 
  AttributeError: 'module' object has no attribute 'a'

问题是：在python块中为

a

赋值对R环境中的

py$a

没有任何作用。也许R和python之间的这种“共享”环境不是软件包应该如何工作的？另外，为了获得一些额外的信息

> py_config()
python:         /usr/bin/python
libpython:      /usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu/libpython2.7.so
pythonhome:     /usr:/usr
version:        2.7.14 (default, Sep 23 2017, 22:06:14)  [GCC 7.2.0]
numpy:          /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy
numpy_version:  1.12.1

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /usr/bin/python3

---

您必须使用Rstudio每日构建（）并将

knitr

，

rmarkdown

升级至最新版本

> packageVersion("rmarkdown")
[1] ‘1.9’
> packageVersion("knitr")
[1] ‘1.20’

---

r标记/knitr:

运行块：

目前不支持在不编织文档的情况下运行块。请看这里：或

编辑：Freguglia的解决方案：

“解决方法是将python块转换为R块，只需将整个内容包装在py_run_string（）函数中，这样就可以通过py$variable_name从R访问在该代码段中指定的任何内容。”

编写该文件：

一种方法是按照上面的建议升级knitr，但您不必这样做，也不需要RStudio每日构建

如果您有knitr 1.18之前的版本，您可以包括：

`{r设置，include=FALSE}
knitr:：knit_引擎$set（python=networkite:：eng_python）
```

，请参见此处：

Python:

如果无法工作，请确保python连接在rmarmdown/knitr之外运行：

py_run_字符串（“x=10”）；py$x

如果这也不起作用，您应该检查：

py\u available（）

和

py\u numpy\u available（）

如果返回

FALSE

：尝试使用：

py\u available（TRUE）

初始化它

如果仍然没有，请检查您的配置：

py\u config（）

它将为您提供有关该问题的进一步提示：

---

我的例子是：R和python的不同位版本（32对64），或者我在分别安装Python2.7和Anaconda时遇到了麻烦

这在当前的RStudio桌面上是固定的，例如

1.2.1114

。但是，如果您像我一样使用RStudio Server Pro 1.1.456，那么比使用

py_run_string

更好的解决方法可能是使用

networkite:：repl_python（）

，它在R控制台中提供了一个python控制台，并允许您通过复制粘贴到控制台中来运行python块

解决方法： 工作：

---

作者可能会用到你链接的文档，说Networkite在RStudio每日版本中，但不确定它是否真的在RStudio的发布版本中。RStudio已经包含了一种运行Python块的方法，只需使用默认的

Python

解释器，但没有与R的交叉通信，这可能就是您所看到的。知道它对您有用吗？仍然不起作用，只是用信息编辑帖子。

py_run_string（“x=10”）；py$x

工作正常。似乎

py\u run\u string（）

能够在R环境中修改

py

，而仅仅运行python无法修改任何内容。需要明确的是：添加

knitr:：knit\u engines$集（…）

代码段，编织文档仍然不起作用？（到目前为止，不支持在不编织的情况下运行块…）编织文档非常有效。我认为有一种方法可以单独执行块并将变量“导出”到R环境中。就你所说的而言，这是不可能的，这里也发现了同样的情况。我接受了这个答案，但我还想补充一点，解决方法是将python块转换为R块，然后将整个内容包装在

py\u run\u string（）函数中，因此，无论您在这段代码中分配什么，都可以通过
py$variable\u name
从R访问。很好，我添加了它并引用了您的话。。。您还可以在这里添加解决方法：我尝试在每日构建中运行与问题相同的代码。虽然某些东西确实发生了变化，但现在运行python块会抛出一个错误。我刚刚澄清，它是在桌面（windows）中修复的。您使用的是哪种RStudio？